fastseg

DOI:10.18129 / B9.bioc.fastseg

这是发展fastseg版本;稳定的发布版本,请参阅fastseg。

fastseg——快速分割算法

Bioconductor版本:发展(3.17)

fastseg实现了一个快速和有效的分割算法。它有类似的功能作为DNACopy (Olshen,万卡特拉曼·莱马克里斯2004),但得更快和更灵活。fastseg可以从DNA微阵列和数据段数据从下一代测序检测拷贝数段。进一步可以段RNA微阵列数据像瓷砖阵列识别记录。最普遍,它可以部分数据作为一个矩阵或向量。可以使用各种数据格式作为输入表达式设置对象等fastseg微阵列或农庄测序数据。fastseg的细分标准是基于统计测试在贝叶斯框架,即网络学习任务(Baldi 2001)。抽样的加速来自事实,没有必要在fastseg和动态规划的方法是用于计算部分的第一和高阶的时刻。

作者:京特·Klambauer

维护人员:亚历山大·布鲁姆< alex。在gmail.com gos90 >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“fastseg”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“fastseg”)

PDF	R脚本	fastseg:手动R包
PDF		参考手册

细节

biocViews	分类,CopyNumberVariation,软件
版本	1.45.0
Bioconductor自	BioC 2.9 (r - 2.14)(11年)
许可证	LGPL (> = 2.0)
取决于	R (> = 2.13),GenomicRanges,Biobase
进口	方法、图形grDevices,统计数据,BiocGenerics,S4Vectors,IRanges
链接
建议	DNAcopy,益生元
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.bioinf.jku.at/software/fastseg/index.html
取决于我
进口我	methylKit
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	fastseg_1.45.0.tar.gz
Windows二进制	fastseg_1.45.0.zip
macOS二进制(x86_64)	fastseg_1.45.0.tgz
macOS二进制(arm64)	fastseg_1.45.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fastseg
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ fastseg
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/fastseg/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/fastseg/
包下载报告	下载数据