Famat
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doi：10.18129/b9.bioc.famat
这是发展Famat的版本；对于稳定版本，请参阅Famat。
代谢和转录组数据的功能分析
生物导体版本：开发（3.16）
Famat是为了收集有关用户提供的基因和代谢物列表的数据，并通过闪亮的应用程序可视化。收集的信息为： - 包含某些用户基因和代谢物的途径（使用途径富集分析获得）。- 用户在路径内部元素之间的直接交互。- 有关元素（其标识符和描述）的信息。- 对用户基因进行的GO条款丰富分析。闪亮的应用程序由： - 有关基因，代谢产物的信息以及它们之间的直接相互作用。- 一个热图显示列表中的哪些元素在途径中（途径在层次结构中构成）。- 使用分子功能和生物学过程的富集术语的层次结构。
作者：Mathieu Charles [AUT，CRE]
维护者：Mathieu Charles
引用（从r内，输入引用（“ famat”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ famat”）的用法
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
| 参考手册 |
细节
| 生物浏览 | 功能性预测，，，，去，，，，基因烯，，，，kegg，，，，途径，，，，Reactome，，，，软件 |
| 版本 | 1.7.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.12（R-4.0）（1。5年） |
| 执照 | GPL-3 |
| 要看 | R（> = 4.0） |
| 进口 | keggrest，mpinet，dplyr，，，，Gprofiler2，，，，rwikipathways，，，，Reactome.db，，，，Stringr，，，，go.db，，，，Ontology Indexex，，，，花花公子，，，，闪亮的，，，，发光的dashboard，，，，丝绸，，，，情节，，，，马格里特，，，，DT，，，，clusterProfiler，，，，org.hs.eg.db |
| 链接 | |
| 建议 | 生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，生物管理器 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/emiliesecherre/famat |
| BugReports | https://github.com/emiliesecherre/famat/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | |
| Windows二进制 | |
| MacOS 10.13（高山脉） | |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/famat |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/famat |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/famat/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
