factR

DOI:10.18129 / B9.bioc.factR

这是发展factR版本;稳定的发布版本,请参阅factR。

定制的转录组的功能注释

Bioconductor版本:发展(3.18)

factR包含过程和工具与custom-assembled转录组(GTF)。在其核心,factR构造cd信息定制的成绩单和随后预测其功能输出。此外,factR工具能够策划记录、纠正染色体和基因信息和名单的新记录。

作者:Fursham哈米德(aut (cre)

维护人员:Fursham哈米德< Fursham。h: gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“factR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“factR”)

HTML	R脚本	factR
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	AlternativeSplicing,FunctionalPrediction,GenePrediction,软件
版本	1.3.0
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	文件许可证
取决于	R (> = 4.2)
进口	BiocGenerics(> = 0.38),Biostrings(> = 2.60),GenomeInfoDb(> = 1.28),dplyr (> = 1.0),GenomicFeatures(> = 1.44),GenomicRanges(> = 1.44),IRanges(> = 2.26),purrr (> = 0.3),rtracklayer(> = 1.52),tidyr(> = 1.1),方法(> = 4.0),BiocParallel(> = 1.26),S4Vectors(> = 0.30),数据。表(> = 1.14),rlang(> = 1.0),宠物猫(> = 3.1),wiggleplotr(> = 1.16),RCurl (> = 1.98), XML (> = 3.99),drawProteins(> = 1.12),ggplot2 (> = 3.3), stringr (> = 1.4), pbapply(> = 1.5),数据(> = 4.1),跑龙套(> = 4.1),图形(> = 4.1),蜡笔
链接
建议	AnnotationHub(> = 2.22),BSgenome(> = 1.58),BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,knitr testthat rmarkdown减价,zeallot, rmdformats, bio3d (> = 2.4), signalHsmm (> = 1.5), tidyverse (> = 1.3), covr,拼凑
SystemRequirements
增强了
URL	https://fursham-h.github.io/factR/
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	factR_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	factR_1.3.0.zip
macOS二进制(x86_64)	factR_1.3.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/factR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ factR
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/factR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/factR/
包下载报告	下载数据