extraChIPs

DOI:10.18129 / B9.bioc.extraChIPs

这是发展extraChIPs版本;稳定版请参见extraChIPs

用于处理ChIP-Seq数据的附加功能

Bioconductor版本:开发(3.16)

这个包构建在现有工具的基础上,并添加了一些简单但非常有用的功能,用于处理ChIP-Seq数据。重点是检测差分绑定窗口/区域。一组函数集中于为GRanges对象保留mcols的集操作,而另一组函数则用于帮助结果的可视化。还包括对tibble对象的强制操作。

作者:Stephen Pederson [aut, cre]

维护者:Stephen Pederson < Stephen . Pederson。Au在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“extraChIPs”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("extraChIPs")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“extraChIPs”)

超文本标记语言 R脚本 微分结合分析
超文本标记语言 R脚本 基于范围的操作
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews ChIPSeq报道测序软件
版本 1.1.0
在Bioconductor BioC 3.15 (R-4.2)(< 6个月)
许可证 GPL-3
取决于 BiocParallel, r (>= 4.2.0),GenomicRangesggplot2SummarizedExperiment宠物猫
进口 BiocIO扫帚csawdplyr刨边机EnrichedHeatmapforcatsGenomeInfoDbGenomicInteractionsggrepelggside胶水grDevices,GvizInteractionSetIRangeslimma、方法、RColorBrewerrlangRsamtoolsrtracklayerS4Vectors尺度scatterpie统计数据,stringrtidyrtidyselect跑龙套,vctrs
链接
建议 BiocStylecovrknitrplyrangesrmarkdowntestthat(> = 3.0.0),tidyverse
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/steveped/extraChIPs
BugReports https://github.com/steveped/extraChIPs/issues
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 extraChIPs_1.1.0.tar.gz
Windows二进制 extraChIPs_1.1.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) extraChIPs_1.1.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/extraChIPs
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/extraChIPs
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/extraChIPs/
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