extraChIPs

DOI:10.18129 / B9.bioc.extraChIPs

这是发展extraChIPs版本;稳定版请参见extraChIPs．

用于处理ChIP-Seq数据的附加功能

Bioconductor版本:开发(3.16)

这个包构建在现有工具的基础上，并添加了一些简单但非常有用的功能，用于处理ChIP-Seq数据。重点是检测差分绑定窗口/区域。一组函数集中于为GRanges对象保留mcols的集操作，而另一组函数则用于帮助结果的可视化。还包括对tibble对象的强制操作。

作者:Stephen Pederson [aut, cre]

维护者:Stephen Pederson < Stephen . Pederson。Au在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("extraChIPs")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“extraChIPs”)

超文本标记语言	R脚本	微分结合分析
超文本标记语言	R脚本	基于范围的操作
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，报道，嗝，测序，软件
版本	1.1.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	BiocParallel， r (>= 4.2.0)，GenomicRanges，ggplot2，SummarizedExperiment，宠物猫
进口	BiocIO，扫帚，csaw，dplyr，刨边机，EnrichedHeatmap，forcats，GenomeInfoDb，GenomicInteractions，ggrepel，ggside，胶水grDevices,Gviz，InteractionSet，IRanges，limma、方法、RColorBrewer，rlang，Rsamtools，rtracklayer，S4Vectors，尺度，scatterpie统计数据,stringr，tidyr，tidyselect跑龙套,vctrs
链接
建议	BiocStyle，covr，knitr，plyranges，rmarkdown，testthat(> = 3.0.0),tidyverse
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/steveped/extraChIPs
BugReports	https://github.com/steveped/extraChIPs/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	extraChIPs_1.1.0.tar.gz
Windows二进制	extraChIPs_1.1.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	extraChIPs_1.1.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/extraChIPs
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/extraChIPs
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/extraChIPs/
软件包下载报告	下载数据