exomePeak2

DOI:10.18129 / B9.bioc.exomePeak2

这是发展exomePeak2版本;稳定的发布版本,请参阅exomePeak2。

Bias-aware峰值MeRIP-Seq呼叫和量化

Bioconductor版本:发展(3.14)

exomePeak2 RNA免疫沉淀反应提供bias-aware量化和峰值检测甲基化测序数据(MeRIP-Seq)。MeRIP-Seq通常应用测序技术可以测量位置和丰富的RNA在给定的细胞系条件下修改网站。然而,量化和峰值调用MeRIP-Seq PCR扩增偏差很敏感,一般出现在新一代测序(上天)技术。此外,生成的统计数据RNA-Seq展品显著的生物之间的变异生物复制。exomePeak2集体解决的挑战,引入一系列可靠的数据为MeRIP-Seq科学工具。使用exomePeak2,用户可以执行峰调用、修改网站量化,并通过一个简单的单步执行函数微分分析。另外,多步骤的功能可以用于生成诊断情节和执行定制的分析。

作者:魏甄(aut (cre)

维修工:魏甄<甄。在icloud.com wei10 >

安装

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如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“exomePeak2”)

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文档

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HTML	R脚本	exomePeak2用户指南
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文本		新闻

细节

biocViews	报道,DifferentialExpression,ExomeSeq,MethylSeq,归一化,预处理,RNASeq,测序,软件
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(1年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	SummarizedExperiment,cqn
进口	Rsamtools,GenomicAlignments,GenomicRanges,GenomicFeatures,DESeq2,ggplot2,mclust,genefilter,Biostrings,BSgenome,BiocParallel,IRanges,S4Vectors,reshape2,rtracklayer,apeglm、方法、统计跑龙套,Biobase,GenomeInfoDb,BiocGenerics
链接
建议	knitr,rmarkdown,RMariaDB
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/ZW-xjtlu/exomePeak2/issues
取决于我
进口我
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包档案

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源包	exomePeak2_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	exomePeak2_1.5.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	exomePeak2_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/exomePeak2
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ exomePeak2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/exomePeak2/
包下载报告	下载数据