exomeCopy

DOI:10.18129 / B9.bioc.exomeCopy

这是发展exomeCopy的版本;稳定版请参见exomeCopy．

从外显子组测序读取深度检测拷贝数变异

Bioconductor版本:开发(3.17)

检测拷贝数变异(CNV)从外显子组测序样本，包括未配对的样本。该包实现了一个隐马尔可夫模型，该模型使用位置协变量，如背景读取深度和GC-content，同时将样本归一化并分割为常量拷贝计数的区域。

作者:迈克尔·洛夫

维护者:Michael Love

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("exomeCopy")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“exomeCopy”)

PDF	R脚本	外显子组测序数据中的拷贝数变异检测
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，遗传学，测序，软件
版本	1.45.0
在Bioconductor	BioC 2.9 (R-2.14)(11年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.5.0)，IRanges(> = 2.5.27),GenomicRanges(> = 1.23.16),Rsamtools
进口	stats4、方法GenomeInfoDb
链接
建议	Biostrings
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	cn.mops，CNVPanelizer，contiBAIT
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	exomeCopy_1.45.0.tar.gz
Windows二进制	exomeCopy_1.45.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	exomeCopy_1.45.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	exomeCopy_1.45.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/exomeCopy
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/exomeCopy
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/exomeCopy/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/exomeCopy/
软件包下载报告	下载数据