esATAC

DOI:10.18129 / B9.bioc.esATAC

这是发展esATAC版本;稳定版请参见esATAC．

易于使用的ATACseq数据分析系统管道

Bioconductor版本:开发(3.16)

该软件包为ATAC-seq Reads的量化和分析提供了一个框架和完整的预设管道。它涵盖了原始测序读取预处理(FASTQ文件)，读取对齐(Rbowtie2)，对齐读取文件操作(SAM, BAM和BED文件)，峰值调用(F-seq)，基因组注释(Motif, GO, SNP分析)和质量控制报告。包通过数据流图进行管理。用户很容易在流程之间无缝传递变量，并理解工作流程。用户可以通过端到端的预设管道处理FASTQ文件，生成漂亮的HTML报告进行质量控制和初步统计结果，也可以使用esATAC功能轻松灵活地从任何中间阶段开始定制工作流。

作者:郑伟，张伟

维护者:郑伟< wzwezheng at qq.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("esATAC")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“esATAC”)

超文本标记语言	R脚本	esATAC:易于使用的ATAC-seq数据分析系统管道
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ATACSeq，对齐，报道，DNASeq，DNaseSeq，ImmunoOncology，预处理，质量控制，测序，软件
版本	1.19.0
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(5年)
许可证	GPL-3 |文件许可证
取决于	R (>= 4.0.0)，Rsamtools，GenomicRanges，ShortRead，pipeFrame
进口	Rcpp(>= 0.12.11)，方法knitr，Rbowtie2，rtracklayer，ggplot2，Biostrings，ChIPseeker，clusterProfiler，igraph，rJava，magrittr，消化，BSgenome，AnnotationDbi，GenomicAlignments，GenomicFeatures，R.utils，GenomeInfoDb，BiocGenerics，S4Vectors，IRanges，rmarkdown、工具、维恩图、网格JASPAR2018，TFBSTools， grDevices，图形，统计，utils，并行，corrplot，BiocManager，motifmatchr
链接	Rcpp
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，org.Hs.eg.db，testthat，webshot
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/wzthu/esATAC
BugReports	https://github.com/wzthu/esATAC/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	esATAC_1.19.0.tar.gz
Windows二进制	esATAC_1.19.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	esATAC_1.19.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/esATAC
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/esATAC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/esATAC/
软件包下载报告	下载数据