epivizr

DOI:10.18129 / B9.bioc.epivizr

这是发展epivizr版本;稳定的发布版本,请参阅epivizr。

R接口epiviz web应用程序

Bioconductor版本:发展(3.17)

这个包提供了连接epiviz web应用程序(http://epiviz.cbcb.umd.edu)基因组数据的交互式可视化。R / bioc交互式会话中的对象可以显示在基因组浏览器追踪或情节被导航探索基因组区域。支持基本Bioconductor数据结构(例如,GenomicRanges和RangedSummarizedExperiment对象),同时提供一个简单的机制来支持其他数据结构(通过包epivizrData)。可视化(使用d3.js)可以很容易地添加到web应用程序。

作者:赫克托耳Corrada布拉沃,弗罗林Chelaru,卢埃林史密斯,纳奥米•戈尔茨坦Jayaram Kancherla,摩根·沃尔特布莱恩戈特弗里德

维修工:赫克托耳Corrada布拉沃< hcorrada gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“epivizr”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“epivizr”)

HTML	R脚本	介绍epivizr
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细节

biocViews	GUI,基础设施,软件,可视化
版本	2.29.0
Bioconductor自	BioC 2.13 (r - 3.0)(9.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 3.5.0)方法
进口	epivizrServer(> = 1.1.1),epivizrData(> = 1.3.4),GenomicRanges,S4Vectors,IRanges,bumphunter,GenomeInfoDb
链接
建议	testthat,roxygen2,knitr,Biobase,SummarizedExperiment,antiProfilesData,hgu133plus2.db,Mus.musculus,BiocStyle,minfi,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	epivizrStandalone,scTreeViz
进口我	metavizr
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	epivizr_2.29.0.tar.gz
Windows二进制	epivizr_2.29.0.zip
macOS二进制(x86_64)	epivizr_2.29.0.tgz
macOS二进制(arm64)	epivizr_2.29.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/epivizr
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ epivizr
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/epivizr/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/epivizr/
包下载报告	下载数据