epihet

DOI:10.18129 / B9.bioc.epihet

这是发展epiheet的翻译;稳定版请参见epihet．

从亚硫酸氢盐测序数据确定表观遗传异质性

Bioconductor版本:开发(3.17)

epihet是一个r包，用于计算癌细胞和/或正常细胞之间的表观遗传异质性。该函数建立了一个管道，从多个样本中获取亚硫酸氢盐测序数据，并使用该数据跟踪表观多态性的相似性和差异，不一致甲基化测序reads (PDR)的比例，以及样本之间共享的表观等位基因的Shannon熵值。epiheet可以通过创建pheatmaps、箱形图、PCA图和t-SNE图来对数据进行分析。也可以通过计算样本的差异异质性来创建MA图。构建了附属物网络并进行了网络分析。

作者:陈晓雯[aut, cre]， Haitham Ashoor [aut]， Ryan Musich [aut]，张明生[aut]，王佳慧[aut]，李胜[aut]

维护者:陈晓雯<晓雯。陈在jax.org>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install(" epiet ")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	DNAMethylation，表观遗传学，MethylSeq，测序，软件
版本	1.15.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(3.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.6)，GenomicRanges，IRanges，S4Vectors，ggplot2，foreach，Rtsne，igraph
进口	data.table，doParallel， EntropyExplorer，图形，统计，grDevices，pheatmap跑龙套,qvalue，WGCNA，ReactomePA
链接
建议	knitr，clusterProfiler，ggfortify，org.Hs.eg.db，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/TheJacksonLaboratory/epihet
BugReports	https://github.com/TheJacksonLaboratory/epihet/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/epihet
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ epiheet
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/epihet/
软件包下载报告	下载数据