epigraHMM

DOI:10.18129 / B9.bioc.epigraHMM

这是发展epigraHMM版本;稳定的发布版本,请参阅epigraHMM。

外遗传性R-based与隐马尔科夫模型分析

Bioconductor版本:发展(3.17)

epigraHMM提供了一组工具外遗传性分析的数据基于隐马尔可夫模型。它包含两个单独的峰打电话,一个用于共识山峰从生物或技术复制,和一个微分峰multi-replicate multi-condition实验。在微分峰打电话,epigraHMM提供window-specific后验概率与所有可能的组合模式读浓缩的条件。

作者:佩德罗·巴尔多尼(aut (cre)

维护人员:佩德罗·巴尔多尼< pedrobaldoni gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“epigraHMM”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“epigraHMM”)

HTML	R脚本	共识和微分峰与epigraHMM调用
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ATACSeq,ChIPSeq,DNaseSeq,表观遗传学,HiddenMarkovModel,软件
版本	1.7.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	Rcpp,magrittr,data.table,SummarizedExperiment、方法、GenomeInfoDb,GenomicRanges,rtracklayer,IRanges,Rsamtools,bamsignals,csaw,S4Vectors,limma统计数据,Rhdf5lib,rhdf5,矩阵,质量,尺度,ggpubr,ggplot2,GreyListChIP,pheatmap,grDevices
链接	Rcpp,RcppArmadillo,Rhdf5lib
建议	testthat,knitr,rmarkdown,BiocStyle,BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn4,gcapc,chromstaRData
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	epigraHMM_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	epigraHMM_1.7.0.zip
macOS二进制(x86_64)	epigraHMM_1.7.0.tgz
macOS二进制(arm64)	epigraHMM_1.7.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/epigraHMM
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ epigraHMM
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/epigraHMM/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/epigraHMM/
包下载报告	下载数据