epigenomix

DOI:10.18129 / B9.bioc.epigenomix

这是发展表观基因组版本;稳定版请参见epigenomix．

表观遗传和基因转录数据的归一化和混合模型的集成

Bioconductor版本:开发(3.17)

通过ChIP-seq获得的基于RNA-seq或微阵列的基因转录和组蛋白修饰数据的综合分析包。该软件包提供了数据预处理和匹配的方法，以及贝叶斯混合模型的拟合方法，以检测两种数据类型存在差异的基因。

作者:Hans-Ulrich Klein, Martin Schaefer

维护人员:Hans-Ulrich Klein

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("epigenomix")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“epigenomix”)

PDF	R脚本	表观基因组合包小插图
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq，分类，DifferentialExpression，GeneExpression，软件
版本	1.39.0
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(9.5年)
许可证	LGPL-3
取决于	R(>= 3.5.0)，方法，Biobase，S4Vectors，IRanges，GenomicRanges，SummarizedExperiment
进口	BiocGenerics，MCMCpack，Rsamtools平行,GenomeInfoDb，beadarray
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	epigenomix_1.39.0.tar.gz
Windows二进制	epigenomix_1.39.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	epigenomix_1.39.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/epigenomix
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/epigenomix
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/epigenomix/
软件包下载报告	下载数据