epidecodeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.epidecodeR

这是发展epidecodeR版本;稳定版请参见epidecodeR．

epidecodeR:表观遗传和外延转录组调控的功能探索工具

Bioconductor版本:开发(3.17)

epidecodeR是一个能够分析DNA/RNA表观遗传化学修饰程度对基因或蛋白质失调的影响的包。该软件包集成了一系列表观基因组或外延转录组学技术(如ChIP-seq、ATAC-seq、m6A-seq等)产生的化学修饰数据，以及以差异基因表达、核糖体占用或差异蛋白质翻译形式出现的失调基因列表，并识别由于与基因相关的不同程度的化学修饰而导致的基因失调的影响。epidecodeR生成累积分布函数(CDF)图，显示根据基因相关的修饰程度被分为不同组的基因之间总体log2FC的趋势变化。该工具还测试了基因组之间log2FC差异的显著性。

作者:Kandarp Joshi [aut, cre]， Dan Ohtan Wang [aut]

维护者:Kandarp Joshi

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("epidecodeR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“epidecodeR”)

超文本标记语言	R脚本	epidecodeR:表观遗传和外延转录组调控的功能探索工具
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChipOnChip，DifferentialExpression，表观遗传学，Epitranscriptomics，FunctionalGenomics，FunctionalPrediction，GeneExpression，GeneRegulation，HistoneModification，软件，SystemsBiology，转录，转录组
版本	1.7.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.1.0)
进口	EnvStats，ggplot2，rtracklayer，GenomicRanges，IRanges，rstatix，ggpubr，方法，统计，utils，dplyr
链接
建议	knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/kandarpRJ/epidecodeRhttps://epidecoder.shinyapps.io/shinyapp
BugReports	https://github.com/kandarpRJ/epidecodeR/issues
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	epidecodeR_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	epidecodeR_1.7.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	epidecodeR_1.7.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	epidecodeR_1.7.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/epidecodeR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/epidecodeR
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/epidecodeR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/epidecodeR/
软件包下载报告	下载数据