epialleleR

DOI:10.18129 / B9.bioc.epialleleR

这是发展epialleleR版本;稳定的发布版本,请参阅epialleleR。

快,Epiallele-Aware甲基化的记者

Bioconductor版本:发展(3.17)

mitotically Epialleles特定DNA甲基化模式和/或减数继承。这个包调用hypermethylated epiallele频率的基因组区域或个人胞核嘧啶在新一代测序数据使用二进制排列图(BAM)文件作为输入。其他功能包括提取甲基化模式,计算每次读β值的经验累积分布函数和测试之间的意义关联epiallele甲基化状态在特定基因位置和基本频率(snp)。

作者:Oleksii Nikolaienko (aut (cre)

维护人员:Oleksii Nikolaienko < Oleksii。在gmail.com nikolaienko >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“epialleleR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“epialleleR”)

HTML	R脚本	epialleleR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,表观遗传学,MethylSeq,软件
版本	1.7.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.1)
进口	属性、方法、效用,GenomicRanges,BiocGenerics,GenomeInfoDb,SummarizedExperiment,VariantAnnotation,stringi,data.table
链接	Rcpp,黑洞,Rhtslib,zlibbioc
建议	RUnit,knitr,rmarkdown,ggplot2,ggstance,gridExtra
SystemRequirements	GNU c++ 17日
增强了
URL	https://github.com/BBCG/epialleleR
BugReports	https://github.com/BBCG/epialleleR/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	epialleleR_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	epialleleR_1.7.0.zip
macOS二进制(x86_64)	epialleleR_1.7.0.tgz
macOS二进制(arm64)	epialleleR_1.7.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/epialleleR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ epialleleR
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/epialleleR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/epialleleR/
包下载报告	下载数据