ensembldb

DOI:10.18129 / B9.bioc.ensembldb

这是发展ensembldb版本;稳定的发布版本,请参阅ensembldb。

实用工具来创建和使用Ensembl-based注释数据库

Bioconductor版本:发展(3.16)

包提供的功能包括创建和使用记录为中心的注释数据库/包。数据库的注释是直接从运用用Perl获取API。功能和数据相似GenomicFeatures TxDb包的包,但是,除了检索所有基因/记录从数据库模型和注释,ensembldb注释提供了一个过滤器框架允许检索等特定条目的基因编码的染色体区域或记录模型lincRNA基因。ensembldb EnsDb数据库也包含蛋白质注释和蛋白质之间的映射及其编码记录。最后,ensembldb提供了功能基因组之间的映射,转录和蛋白质坐标。

作者:约翰Rainer <约翰内斯。在eurac.edu rainer >with contributions from Tim Triche, Sebastian Gibb, Laurent Gatto and Christian Weichenberger.

维护人员:约翰Rainer <约翰内斯。在eurac.edu rainer >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“ensembldb”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ensembldb”)

HTML	R脚本	生成一个使用基于运用注释包
HTML	R脚本	之间的映射基因组,转录和蛋白质坐标
HTML	R脚本	查询蛋白质特性
HTML	R脚本	用例与ensembldb坐标映射
HTML	R脚本	使用MariaDB / MySQL服务器的后端
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AnnotationData,报道,遗传学,测序,软件
版本	2.21.3
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(7.5年)
许可证	LGPL
取决于	R (> = 3.5.0),BiocGenerics(> = 0.15.10),GenomicRanges(> = 1.31.18),GenomicFeatures(> = 1.29.10),AnnotationFilter(> = 1.5.2)
进口	方法,RSQLite(> = 1.1),DBI,Biobase,GenomeInfoDb,AnnotationDbi(> = 1.31.19),rtracklayer,S4Vectors(> = 0.23.10),Rsamtools,IRanges(> = 2.13.24),ProtGenerics,Biostrings(> = 2.47.9),旋度
链接
建议	BiocStyle,knitr,EnsDb.Hsapiens.v86(> = 0.99.8),testthat,BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38,ggbio(> = 1.24.0),Gviz(> = 1.20.0),magrittr,rmarkdown,AnnotationHub
SystemRequirements
增强了	RMariaDB,闪亮的
URL	https://github.com/jorainer/ensembldb
BugReports	https://github.com/jorainer/ensembldb/issues
取决于我	AHEnsDbs,chimeraviz,EnsDb.Hsapiens.v75,EnsDb.Hsapiens.v79,EnsDb.Hsapiens.v86,EnsDb.Mmusculus.v75,EnsDb.Mmusculus.v79,EnsDb.Rnorvegicus.v75,EnsDb.Rnorvegicus.v79
进口我	biovizBase,BUSpaRse,ChIPpeakAnno,consensusDE,diffUTR,drugTargetInteractions,epivizrData,GenomicDistributionsData,ggbio,Gviz,metagene,proteasy,日坛,scanMiRApp,scRNAseq,TVTB,tximeta
建议我	高山,CNVRanger,dasper,eisaR,epimutacions,EpiTxDb,鱼池,GenomicFeatures,ldblock,multicrispr,nullranges,土星,wiggleplotr
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ensembldb_2.21.3.tar.gz
Windows二进制	ensembldb_2.21.3.zip
macOS 10.13(高山脉)	ensembldb_2.21.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ensembldb
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ensembldb
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ensembldb/
包下载报告	下载数据