ensemblVEP

DOI:10.18129 / B9.bioc.ensemblVEP

这是发展集合blvep的版本;稳定版请参见ensemblVEP．

集成变异效应预测器的R接口

Bioconductor版本:开发(3.17)

通过perl API查询ensemble Variant Effect Predictor。

作者:Valerie Obenchain和Lori Shepherd

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("ensemblVEP")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ensemblVEP”)

PDF	R脚本	ensemblVEP
PDF		参考手册
文本		自述
文本		新闻

细节

biocViews	注释，单核苷酸多态性，软件，VariantAnnotation
版本	1.41.1
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(10年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	方法,BiocGenerics，GenomicRanges，VariantAnnotation
进口	S4Vectors(> = 0.9.25),Biostrings，SummarizedExperiment，GenomeInfoDb,统计数据
链接
建议	RUnit
SystemRequirements	必须安装Ensembl VEP (API版本105)和Perl模块DBI和DBD::mysql。参见README和Ensembl软件包安装说明:http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_download.html#installer
增强了
URL
全靠我
进口我	MMAPPR2，TVTB
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ensemblVEP_1.41.1.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)	ensemblVEP_1.41.1.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ensemblVEP
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ensemblVEP
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ensemblVEP/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ensemblVEP/
软件包下载报告	下载数据