enrichplot

DOI:10.18129 / B9.bioc.enrichplot

这是发展版本丰盈图;稳定版请参见enrichplot．

功能丰富结果的可视化

Bioconductor版本:开发(3.16)

“enrichment plot”包实现了几种可视化方法，用于解释从ORA或GSEA分析中获得的功能富集结果。它主要设计用于与“clusterProfiler”包套件一起工作。所有的可视化方法都是基于'ggplot2'图形开发的。

作者:于广创[aut, cre]，胡二强[ctb]

维护人员:guangchuangyu

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install(" plot")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“enrichplot”)

超文本标记语言		enrichplot
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，去，GeneSetEnrichment，KEGG，通路，软件，可视化
版本	1.17.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	aplot，剂量(> = 3.16.0),ggplot2，ggraph，图形，网格，igraph、方法、plyr，purrr，RColorBrewer，reshape2，统计，utils，scatterpie，shadowtext，GOSemSim，magrittr，ggtree，yulab.utils(> = 0.0.4)
链接
建议	clusterProfiler，dplyr，europepmc，ggupset，knitr，rmarkdown，org.Hs.eg.db，prettydoc，宠物猫，tidyr，ggforce，AnnotationDbi，ggplotify，ggridgesgrDevices,gridExtra，ggnewscale，ggrepel(> = 0.9.0),ggstar，treeio，尺度，tidytree，rlang，ggtreeExtra，tidydr
SystemRequirements
增强了
URL	https://yulab-smu.top/biomedical-knowledge-mining-book/
BugReports	https://github.com/GuangchuangYu/enrichplot/issues
全靠我	maEndToEnd
进口我	ChIPseeker，clusterProfiler，debrowser，ExpHunterSuite，MAGeCKFlute，网格，MicrobiomeProfiler，multiSight，ReactomePA
建议我	methylGSA，pareg
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	enrichplot_1.17.0.tar.gz
Windows二进制	enrichplot_1.17.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	enrichplot_1.17.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/enrichplot
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/富贵
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/enrichplot/
软件包下载报告	下载数据