enrichplot

DOI:10.18129 / B9.bioc.enrichplot

这是发展版本丰盈图;稳定版请参见enrichplot

功能丰富结果的可视化

Bioconductor版本:开发(3.16)

“enrichment plot”包实现了几种可视化方法,用于解释从ORA或GSEA分析中获得的功能富集结果。它主要设计用于与“clusterProfiler”包套件一起工作。所有的可视化方法都是基于'ggplot2'图形开发的。

作者:于广创[aut, cre],胡二强[ctb]

维护人员:guangchuangyu

引文(从R内,输入引用(“enrichplot”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install(" plot")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“enrichplot”)

超文本标记语言 enrichplot
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释GeneSetEnrichmentKEGG通路软件可视化
版本 1.17.0
在Bioconductor BioC 3.7 (R-3.5)(4年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.5.0)
进口 aplot剂量(> = 3.16.0),ggplot2ggraph,图形,网格,igraph、方法、plyrpurrrRColorBrewerreshape2,统计,utils,scatterpieshadowtextGOSemSimmagrittrggtreeyulab.utils(> = 0.0.4)
链接
建议 clusterProfilerdplyreuropepmcggupsetknitrrmarkdownorg.Hs.eg.dbprettydoc宠物猫tidyrggforceAnnotationDbiggplotifyggridgesgrDevices,gridExtraggnewscaleggrepel(> = 0.9.0),ggstartreeio尺度tidytreerlangggtreeExtratidydr
SystemRequirements
增强了
URL https://yulab-smu.top/biomedical-knowledge-mining-book/
BugReports https://github.com/GuangchuangYu/enrichplot/issues
全靠我 maEndToEnd
进口我 ChIPseekerclusterProfilerdebrowserExpHunterSuiteMAGeCKFlute网格MicrobiomeProfilermultiSightReactomePA
建议我 methylGSApareg
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 enrichplot_1.17.0.tar.gz
Windows二进制 enrichplot_1.17.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) enrichplot_1.17.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/enrichplot
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/富贵
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/enrichplot/
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