enhancerHomologSearch

DOI:10.18129 / B9.bioc.enhancerHomologSearch

这是发展enhancerHomologSearch的版本;稳定发布版本请参见enhancerHomologSearch．

确定已知增强子的哺乳动物同源物

Bioconductor版本:开发(3.17)

通过H3K4me1峰得到增强子区域的ENCODE数据，并搜索给定序列的同源区域。增强子同源区域的候选区域可以通过与目标TSS的距离进行筛选。来自人类和老鼠的最佳候选基因将彼此对齐，然后使用给定的增强子导出为多个对齐。

作者:欧建宏[aut, cre]， Valentina Cigliola [dtc]， Kenneth Poss [fnd]

维护者:Jianhong Ou < Jianhong。你在duke.edu>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用bio devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("enhancerHomologSearch")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“enhancerHomologSearch”)

超文本标记语言	R脚本	enhancerHomologSearch装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，GeneRegulation，测序，软件
版本	1.5.0
在Bioconductor公司	BioC 3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R(>= 4.1.0)，方法
进口	BiocGenerics，Biostrings，BSgenome，BiocParallel，BiocFileCache，GenomeInfoDb，GenomicRanges，httr，IRanges，jsonlite，motifmatchr，矩阵，rtracklayer，Rcpp，S4Vectors，统计，效用
链接	Rcpp
建议	knitr，rmarkdown，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer10，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，org.Hs.eg.db，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，org.Mm.eg.db，MotifDb，testthat，TFBSTools
SystemRequirements
增强了
URL	https://jianhong.github.io/enhancerHomologSearch
BugReports	https://github.com/jianhong/enhancerHomologSearch/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	enhancerHomologSearch_1.5.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/enhancerHomologSearch
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/enhancerHomologSearch
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/enhancerHomologSearch/
软件包下载报告	下载数据