Eisar.

DOI：10.18129 / b9.bioc.eisar.

这是发展Eisar的版本;对于稳定的版本版本，请参阅Eisar.。

r的外显子内分裂分析（EISA）

Bioconducts版本：开发（3.14）

外显子系统分类分析（EISA）使用普通的RNA-SEQ数据来测量不同实验条件的成熟RNA和前mRNA读数的变化，以定量基因表达的转录和转录后调节。详情请参阅Gaidatzis等，NAT Biotechnol 2015. Doi：10.1038 / NBT.3269。Eisar在R中实现了EISA的主要步骤。

作者：Michael Stadler [Aut，Cre]，Dimos Gaidatzis [Aut]，Lukas Burger [Aut]，Charlotte Soneson [Aut]

维护者：Michael Stadler

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！quancamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）＃以下初始化buoc devel biocmanager :: install的使用（版本='devel'）biocmanager ::安装（“Eisar”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“EISAR”）

HTML.	r script.	生成具有对齐方法的拼接和未换乘丰度估计的参考文件
HTML.	r script.	使用EISAR进行外显子内分析分析（EISA）
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	官能组学那基因表达那GenereGulation.那rnaseq.那回归那软件那转录那转录组学
版本	1.5.0.
在生物导体中以来	BIOC 3.11（R-4.0）（1年）
执照	GPL-3.
依靠	r（> = 4.0.0）
进口	图形，统计数据，Genomicranges.那S4Vectors.那绞喉那林马那edger.， 方法，概括分析那生物根系，实用程序
链接到
建议	kn那RAMAMAMDOW.那testthat.那生物焦那Quasr.那r那生物仪器那bsgenome.，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38，Ensembldb.那annotationdbi.那基因组法那rtracklayer.
系统要求
加强
URL.	https://github.com/fmicompbio/eisar.
Bugreports.	https://github.com/fmicompbio/eisar/issues.
取决于我
进口我
建议我
链接给我
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	Eisar_1.5.0.tar.gz.
Windows二进制文件
Macos 10.13（高塞拉）	EISAR_1.5.0.TGZ.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/eisar.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包装/ eisar
包短网址	https://biocumon.org/packages/eisar/
包裹下载报告	下载统计信息