eegc

DOI:10.18129 / B9.bioc.eegc

这是发展eegc版本;稳定的发布版本,请参阅eegc。

基因工程评价的分类(eegc)

Bioconductor版本:发展(3.13)

这个包了评估细胞工程流程直接分化的干细胞或转换主要细胞转分化的体细胞基于高通量基因表达数据筛选通过DNA微阵列或RNA序列。包从三种类型的基因表达谱作为输入样本:(i)体细胞或干细胞分化(反式)(工程过程的输入),(2)诱导细胞评估(工程过程的输出)和(3)目标主要细胞(参考输出)。计划执行差异基因表达分析每两两样本比较识别和评估样本的转录差异3类型(输入、输出、引用)。理想的目标是诱导和主要参考细胞显示重叠的概要文件,既不同于原始细胞。

作者:小袁,孟,克里斯汀·纳尔迪尼香港美地

维护人员:小袁周< zhouxiaoyuan picb.ac.cn >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“eegc”)

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文档

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PDF	R脚本	基因工程评价的分类(eegc)
PDF		参考手册

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,GeneRegulation,GeneSetEnrichment,GeneTarget,ImmunoOncology,微阵列,RNASeq,测序,软件
版本	1.17.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(4.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.4.0)
进口	R.utils,gplots,系统网络体系结构(sna),wordcloud,igraph,pheatmap,刨边机,DESeq2,clusterProfiler,S4Vectors,ggplot2,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,limma,剂量,AnnotationDbi
链接
建议	knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	eegc_1.17.0.tar.gz
Windows二进制	eegc_1.17.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	eegc_1.17.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/eegc
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ eegc
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/eegc/
包下载报告	下载数据