EDGER

doi:10.18129/b9.bioc.edger

这是发展Edger的版本;对于稳定版本,请参阅EDGER

R中数字基因表达数据的经验分析

生物导体版本:开发(3.13)

带有生物复制的RNA-SEQ表达谱的差异表达分析。基于负二项式分布,包括经验贝叶斯估计,精确测试,广义线性模型和准类似测试,实现了一系列统计方法。除RNA-Seq外,它还适用于其他类型的基因组数据的差异信号分析,这些数据产生了读数计数,包括chip-seq,atac-seq,bisulfite-seq,sage和cage。

作者:Yunshun Chen,Aaron TL Lun,Davis J McCarthy,Matthew E Ritchie,Belinda Phipson,Yifang Hu,Xiaobei Zhou,Mark D Robinson,Gordon K Smyth

维护者:yunshun chen ,gordon smyth ,aaron lun .uzh.ch>

引用(从r内,输入引用(“ Edger”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.1”)并输入:

if(!sireseNamespace(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化了Bioc Devel Biocmanager :: Install(decon ='devel')Biocmanager :: Install(“ EDGER”)的用法

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Edger”)

PDF Edger Vignette
PDF Edgerusersguide.pdf
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 替代方案,,,,批处理效应,,,,贝叶斯,,,,生物医学信息学,,,,细胞生物学,,,,chipseq,,,,聚类,,,,覆盖范围,,,,DNAMETHYLATY,,,,差异性,,,,差甲基化,,,,差速器,,,,表观遗传学,,,,功能基因组学,,,,基因表达,,,,基因烯,,,,遗传学,,,,免疫学,,,,多重组合,,,,正常化,,,,途径,,,,QualityControl,,,,rnaseq,,,,回归,,,,智者,,,,测序,,,,软件,,,,系统生物学,,,,时间科,,,,转录,,,,转录组学
版本 3.33.7
在生物导体中 Bioc 2.3(R-2.8)(12。5年)
执照 GPL(> = 2)
要看 r(> = 3.6.0),林玛(> = 3.41.5)
进口 方法,图形,统计,utils,Locfit,,,,RCPP
链接 RCPP
建议 jsonlite,,,,readr,,,,RHDF5,花键,生物酶,,,,AnnotationDbi,,,,总结性特征,,,,org.hs.eg.db
系统要求 C ++ 11
增强
URL http://bioinf.wehi.edu.au/edger//www.anjoumacpherson.com/packages/edger
取决于我 阿斯普利,,,,dbchip,,,,埃达,,,,EGSEA123,,,,兴趣,,,,甲基mn,,,,米洛,,,,ReactomeGsa.Data,,,,RNASEQ123,,,,rnaseqdtu,,,,rnaseqgeneedgerql,,,,rnaseqr,,,,rnaseqsamplesizedata,,,,Ruvseq,,,,samexplorer,,,,TCC,,,,翻译
进口我 Affycoretools,,,,anota2seq,,,,arrayexpresshts,,,,atacseqqc,,,,自治,,,,awfisher,,,,贝塞克,,,,Bioqc,,,,人口普查,,,,染色体,,,,Circrnaprofiler,,,,簇发酵,,,,cnvranger,,,,compcoder,,,,共识,,,,Coseq,,,,countsimqc,,,,杂交,,,,CSAW,,,,达米尔塞克,,,,DCE,,,,碎片器,,,,分解疾病,,,,变形,,,,DegReport,,,,Desubs,,,,diffcyt,,,,Diffhic,,,,diffloop,,,,diffutr,,,,dmrcate,,,,剂量,,,,Drimseq,,,,液滴,,,,EasyRnaseq,,,,埃达,,,,EEGC,,,,Egsea,,,,艾萨尔,,,,Emtdata,,,,富集兄弟,,,,Erccdashboard,,,,ERSSA,,,,Exphuntersuite,,,,gdcrnatools,,,,glimma,,,,GSEABENCHMARKER,,,,htsfilter,,,,冰茶,,,,校正,,,,同工型间分析仪,,,,Knowseq,,,,Maaslin2,,,,Medips,,,,metaseqr2,,,,Migsa,,,,mlseq,,,,moanin,,,,MSGBSR,,,,msmstests,,,,多希克科姆,,,,马斯喀特,,,,nbsplice,,,,Pathostat,,,,phipdata,,,,ppcseq,,,,恰当的,,,,psichomics,,,,RCM,,,,recountworkflow,,,,regsplice,,,,repitools,,,,报告工具,,,,RNASEQMAP,,,,rnaseqsamples,,,,罗斯,,,,SCCB2,,,,SCDE,,,,烤饼,,,,斯克兰,,,,setools,,,,simd,,,,Singlecellsignalr,,,,唱歌,,,,singscoreamlmutations,,,,空间Heatmap,,,,飞溅,,,,spsimseq,,,,stategra,,,,SVA,,,,Systempiper,,,,tbsignatureprofiler,,,,TCSEQ,,,,次级表演,,,,Tradeseq,,,,Tweedeseq,,,,vidger,,,,,,,,Zinbwave
建议我 absseq,,,,bigpint,,,,生物室,,,,CageWorkFlow,,,,chipseqdb,,,,分类,,,,克洛诺特犬,,,,CQN,,,,Cydar,,,,dcanr,,,,dearseq,,,,DESCAN2,,,,Dittoseq,,,,轻松报告,,,,EDASEQ,,,,量规,,,,gcrisprtools,,,,基因组签名,,,,基因组机,,,,Glmgampoi,,,,Goseq,,,,grohmm,,,,GSAR,,,,GSVA,,,,理想的,,,,iseeu,,,,JCTSEQDATA,,,,Leebamviews,,,,甲基小姐,,,,多米,,,,叙事,,,,地区报告,,,,RibosomeProfilingQC,,,,土星,,,,Seqgate,,,,SSPA,,,,斯塔格,,,,subseq,,,,总结,,,,tcgabiolinks,,,,tidybulk,,,,topaseq,,,,TopConfects,,,,tximeta,,,,tximport,,,,方差分区,,,,Weitrix,,,,扳手,,,,ZFPKM
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 edger_3.33.7.ta​​r.gz
Windows二进制 edger_3.33.7.zip
MacOS 10.13(高山脉) edger_3.33.7.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/edger
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/edger
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/edger/
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