dyebias

DOI:10.18129 / B9.bioc.dyebias

这是发展dyebias版本;稳定的发布版本,请参阅dyebias。

GASSCO方法为纠正slide-dependent gene-specific染料的偏见

Bioconductor版本:发展(3.17)

很多双色杂交过程受到一种染料gene-specific和slide-specific偏见。前者取决于核苷酸用于标签的内容;后者取决于标签百分比。slide-dependency至今没有公认,解决人工制品是不可能的。鉴于dye-swapped双杂交过程的一个合理的数量,或相同的和相同的杂交过程的基因和slide-biases使用GASSCO方法可以估计和修正(Margaritis et al .,摩尔系统。生物5:266 (2009),doi: 10.1038 / msb.2009.21)

作者:菲利普Lijnzaad Thanasis Margaritis

维护人员:菲利普Lijnzaad < plijnzaad gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“dyebias”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“dyebias”)

PDF	R脚本	染料偏差纠正
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	微阵列,预处理,质量控制,软件,TwoChannel
版本	1.59.0
Bioconductor自	BioC 2.4 (r - 2.9)(14年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 1.4.1),marray,Biobase
进口
链接
建议	limma,转换,GEOquery,dyebiasexamples、方法
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.holstegelab.nl/publications/margaritis_lijnzaad
取决于我
进口我
建议我	dyebiasexamples
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	dyebias_1.59.0.tar.gz
Windows二进制	dyebias_1.59.0.zip
macOS二进制(x86_64)	dyebias_1.59.0.tgz
macOS二进制(arm64)	dyebias_1.59.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dyebias
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ dyebias
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/dyebias/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/dyebias/
包下载报告	下载数据