doubletrouble

DOI:10.18129 / B9.bioc.doubletrouble

这是发展doubletrouble版本;稳定的发布版本,请参阅doubletrouble。

重复基因的识别和分类

Bioconductor版本:发展(3.18)

doubletrouble旨在识别重复基因的全基因组蛋白质序列和基于他们的重复模式进行分类。复制模式:即全基因组重复(WGD);二世。串联重复(TD);三世。近端复制(PD);转置重复(TRD)和承运;诉分散重复(DD)。如果用户想要一个简单的分类方案,副本也可以分为WGD -和SSD-derived(小规模重复)基因对。除了分类基因对,用户还可以分类的基因,所以,每个基因都指定了一个惟一的方式重复。 Users can also calculate substitution rates per substitution site (i.e., Ka and Ks) from duplicate pairs, find peaks in Ks distributions with Gaussian Mixture Models (GMMs), and classify gene pairs into age groups based on Ks peaks.

作者:法布Almeida-Silva (aut (cre),伊夫Van de同行(aut)

维护人员:法布Almeida-Silva < fabricio_almeidasilva hotmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“doubletrouble”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“doubletrouble”)

HTML	R脚本	重复基因的识别和分类
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ComparativeGenomics,FunctionalGenomics,网络,系统发生学,软件,WholeGenome
版本	1.1.0
Bioconductor自	BioC 3.17 (r - 4.3)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	syntenet,GenomicRanges,Biostringsmclust,MSA2dist(> = 1.1.5)、ggplot2统计,跑龙套
链接
建议	knitr testthat(> = 3.0.0),功能,BiocStyle,covr rmarkdown sessioninfo
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/almeidasilvaf/doubletrouble
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/doubletrouble
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	doubletrouble_1.1.0.tar.gz
Windows二进制	doubletrouble_1.1.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	doubletrouble_1.1.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/doubletrouble
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ doubletrouble
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/doubletrouble/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/doubletrouble/
包下载报告	下载数据