定量给料器

DOI:10.18129 / B9.bioc.doseR

这是发展剂量器版本;稳定版请参见定量给料器．

定量给料器

Bioconductor版本:开发(3.17)

doseR包是用于性染色体剂量补偿的下一代测序包，可广泛应用于检测任意数量预先定义的位点组之间的基因表达变化。doseR是一种用于计数数据的差异基因表达包，可检测多个特定基因子集的表达方向变化，在系统生物学研究中具有广泛的用途。doseR已经准备好管理数据的性质和所需的推理集。doseR使用S4类存储测序实验的计数数据。它包含规范化和筛选计数数据的函数，以及绘制和计算计数数据的统计信息的函数。它包含一个用于计数数据线性建模的框架。该软件包已使用真实和模拟数据进行了测试。

作者:AJ Vaestermark, JR Walters。

维护人员:ake。vastermark < ake。Vastermark在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("doseR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“定量给料器”)

超文本标记语言	R脚本	定量给料器
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataRepresentation，DifferentialExpression，GeneExpression，基础设施，测序，软件，SystemsBiology
版本	1.15.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(3.5年)
许可证	GPL
取决于	R (>= 3.6)
进口	刨边机，方法，统计，图形，matrixStats，mclust，lme4，RUnit，SummarizedExperiment，消化，S4Vectors
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	doseR_1.15.0.tar.gz
Windows二进制	doseR_1.15.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	doseR_1.15.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	doseR_1.15.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/doseR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/doseR
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/doseR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/doseR/
软件包下载报告	下载数据