Dittoseq
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doi：10.18129/b9.bioc.dittoseq
这是发展Dittoseq的版本;对于稳定版本，请参阅Dittoseq。
用户友好的单细胞和散装RNA测序可视化
生物导体版本：开发（3.16）
一种通用，用户友好，单细胞和块状RNA测序可视化工具包，可高度定制色盲友好，出版物质量的人物。Dittoseq同时接受Singlecellexperiment（SCE）和Seurat对象，以及通过转换为SCE的导入和用法，用于SCE，总结或DGELIST批量数据。可视化包括降低尺寸降低图，热图，散点图，跨组的成分百分比或表达等等。自定义范围从大小和标题调整到热图自动生成注释，轨迹分析覆盖到任何维度降低图的覆盖层，通过GGPLOTLY转换悬停在光标悬停的隐藏数据叠加等等等等。所有这些都具有简单的离散输入。色盲友善是由传奇调整（扩大的键）提供动力的，除了精心选择的同上物（）之外，还允许使用形状或重写层。
作者：Daniel Bunis [AUT，CRE]，Jared Andrews [AUT，CTB]
维护者：Daniel Bunis
引用（从r内，输入引用（“ Dittoseq”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ dittoseq”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Dittoseq”）
| html | R脚本 | 注释SCRNA-SEQ数据 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 | |
| 文本 | 执照 |
细节
| 生物浏览 | DataImport，，，，基因表达，，，，rnaseq，，，，Singlecell，，，，软件，，，，转录组学，，，，可视化 |
| 版本 | 1.9.1 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.11（R-4.0）（2年） |
| 执照 | 麻省理工学院 +文件执照 |
| 要看 | GGPLOT2 |
| 进口 | 方法，色彩空间（> = 1.4），栅格，，，，牛仔图，，，，RESHAPE2，，，，pheatmap，grdevices，Ggrepel，，，，Ggridges，统计，utils，总结性特征，，，，Singlecellexperiment，，，，S4VECTORS |
| 链接 | |
| 建议 | 情节，，，，测试，，，，Seurat（> = 2.2），deseq2，，，，EDGER，，，，ggplot.multistats，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，scrnaseq，，，，ggrastr（> = 0.2.0），复杂的图像，，，，Bluster，，，，评分，，，，斯克兰 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | 逃脱，，，，tidysinglecellexperiment |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | dittoseq_1.9.1.tar.gz |
| Windows二进制 | Dittoseq_1.9.1.1.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | dittoseq_1.9.1.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dittoseq |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/dittoseq |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/dittoseq/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
