diffuStats

DOI:10.18129 / B9.bioc.diffuStats

这是发展diffuStats版本;稳定的发布版本,请参阅diffuStats。

扩散分数生物网络

Bioconductor版本:发展(3.18)

品牌传播的方法是一种广泛使用的程序计算生物学给上下文使用网络数据分子实体。节点标签,从基因表达可以推出,全基因组关联研究,蛋白质域或代谢组学分析,在网络传播到他们的邻居,有效地平滑的分数通过之前带注释的小说知识和优先考虑的候选人。R包diffuStats包含一组扩散内核和评分方法,促进了他们的计算,描述和基准测试。

作者:塞吉奥Picart-Armada (aut (cre),亚历山大Perera-Lluna (aut)

维修工:塞尔吉奥Picart-Armada <塞尔吉。在upc.edu picart >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“diffuStats”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“diffuStats”)

PDF	R脚本	案例研究:预测蛋白质功能
HTML	R脚本	快速启动
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,遗传学,GenomeWideAssociation,GraphAndNetwork,代谢组学,网络,归一化,蛋白质组学,软件,转录组
版本	1.21.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(5.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.4)
进口	grDevices、属性、方法、矩阵、质量、将军,expm, igraph, Rcpp, RcppArmadillo, RcppParallel, plyr precrec
链接	Rcpp、RcppArmadillo RcppParallel
建议	testthat、knitr rmarkdown、ggplot2 ggsci, igraphdata,BiocStyle、reshape2跑龙套
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	diffuStats_1.21.0.tar.gz
Windows二进制	diffuStats_1.21.0.zip
macOS二进制(x86_64)	diffuStats_1.21.0.tgz
macOS二进制(arm64)	diffuStats_1.21.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/diffuStats
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ diffuStats
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/diffuStats/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/diffuStats/
包下载报告	下载数据