diffcyt

DOI:10.18129 / B9.bioc.diffcyt

这是发展diffcyt的版本;稳定版请参见diffcyt

通过高分辨率聚类的高维细胞仪鉴别发现

Bioconductor版本:开发(3.17)

高维细胞术数据(包括流式细胞术、大规模细胞术或CyTOF和寡核苷酸标记细胞术)中差异发现分析的统计方法,基于高分辨率聚类和改编自转录组学的经验贝叶斯调节试验的组合。

作者:卢卡斯·m·韦伯[aut, cre]

维护人员:Lukas M. Weber < lukas.web.edu at gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“diffcyt”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("diffcyt")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“diffcyt”)

超文本标记语言 R脚本 diffcyt工作流
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews CellBasedAssaysCellBiology聚类FeatureExtractionFlowCytometryImmunoOncology蛋白质组学SingleCell软件
版本 1.19.0
在Bioconductor BioC 3.7 (R-3.5)(4.5年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 R (>= 3.4.0)
进口 flowCoreFlowSOMSummarizedExperimentS4Vectorslimma刨边机lme4multcompdplyrtidyrreshape2magrittr,统计,方法,utils, grDevices,图形,ComplexHeatmapcirclize、网格
链接
建议 BiocStyleknitrrmarkdowntestthatHDCytoData催化剂
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/lmweber/diffcyt
BugReports https://github.com/lmweber/diffcyt/issues
全靠我 censcytcytofWorkflow
进口我 CyTOFpowertreekoR
建议我 催化剂
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 diffcyt_1.19.0.tar.gz
Windows二进制 diffcyt_1.19.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64) diffcyt_1.19.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) diffcyt_1.19.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/diffcyt
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/diffcyt
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/diffcyt/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/diffcyt/
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网