diffcyt

DOI:10.18129 / B9.bioc.diffcyt

这是发展diffcyt的版本;稳定版请参见diffcyt．

通过高分辨率聚类的高维细胞仪鉴别发现

Bioconductor版本:开发(3.17)

高维细胞术数据(包括流式细胞术、大规模细胞术或CyTOF和寡核苷酸标记细胞术)中差异发现分析的统计方法，基于高分辨率聚类和改编自转录组学的经验贝叶斯调节试验的组合。

作者:卢卡斯·m·韦伯[aut, cre]

维护人员:Lukas M. Weber < lukas.web.edu at gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("diffcyt")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“diffcyt”)

超文本标记语言	R脚本	diffcyt工作流
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CellBasedAssays，CellBiology，聚类，FeatureExtraction，FlowCytometry，ImmunoOncology，蛋白质组学，SingleCell，软件
版本	1.19.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(4.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.4.0)
进口	flowCore，FlowSOM，SummarizedExperiment，S4Vectors，limma，刨边机，lme4，multcomp，dplyr，tidyr，reshape2，magrittr，统计，方法，utils, grDevices，图形，ComplexHeatmap，circlize、网格
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat，HDCytoData，催化剂
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/lmweber/diffcyt
BugReports	https://github.com/lmweber/diffcyt/issues
全靠我	censcyt，cytofWorkflow
进口我	CyTOFpower，treekoR
建议我	催化剂
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	diffcyt_1.19.0.tar.gz
Windows二进制	diffcyt_1.19.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	diffcyt_1.19.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	diffcyt_1.19.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/diffcyt
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/diffcyt
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/diffcyt/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/diffcyt/
软件包下载报告	下载数据