diffUTR

DOI:10.18129 / B9.bioc.diffUTR

这是发展diffUTR版本;稳定的发布版本,请参阅diffUTR。

diffUTR:简化微分外显子和3 ' UTR使用

Bioconductor版本:发展(3.16)

diffUTR包提供了一个统一的接口和绘图功能limma /磨边机/ DEXSeq动力微分bin /外显子使用。它包括另外的一个改进版本limma:: diffSplice方法。最重要的是,diffUTR进一步扩展了这些框架的应用微分UTR用法分析使用多聚腺苷酸网站数据库。

作者:Pierre-Luc日尔曼(cre, aut)Stefan Gerber (aut),

维护人员:Pierre-Luc日尔曼< Pierre-Luc。日尔曼在hest.ethz.ch >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“diffUTR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“diffUTR”)

HTML	R脚本	1 _diffutr
HTML	R脚本	diffUTR_diffSplice2
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,软件
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0)
进口	S4Vectors,SummarizedExperiment,limma,刨边机,DEXSeq,GenomicRanges,Rsubread,ggplot2,rtracklayer,ComplexHeatmap,ggrepel,stringi、方法、统计数据GenomeInfoDb,dplyr,matrixStats,IRanges,ensembldb,viridisLite
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/ETHZ-INS/diffUTR
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	diffUTR_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	diffUTR_1.5.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	diffUTR_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/diffUTR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ diffUTR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/diffUTR/
包下载报告	下载数据