Diffhic
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doi：10.18129/b9.bioc.diffhic
这是发展Diffhic的版本；对于稳定版本，请参阅Diffhic。
HI-C数据的差分分析
生物导体版本：开发（3.16）
在HI-C实验中检测跨生物条件的差异相互作用。提供了用于读取和数据进行的读取和数据进行交互计数的方法。统计分析基于EDGER，并支持归一化和过滤。还提供了几种可视化选项。
作者：Aaron Lun [AUT，CRE]，Gordon Smyth [aut]
维护者：aaron lun
引用（从r内，输入引用（“ diffhic”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ diffhic”）的用法
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ diffhic”）
| Diffhic Vignette | ||
| diffhicusersguide.pdf | ||
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 结盟，，，，聚类，，，，覆盖范围，，，，嗝，，，，多重组合，，，，正常化，，，，预处理，，，，测序，，，，软件 |
| 版本 | 1.29.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.1（R-3.2）（7年） |
| 执照 | GPL-3 |
| 要看 | r（> = 3.5），基因组机，，，，互动集，，，，总结性特征 |
| 进口 | rsamtools，，，，Rhtslib，，，，生物弦，，，，BSGENOME，，，，RHDF5，，，，EDGER，，，，林玛，，，，CSAW，，，，Locfit， 方法，iranges，，，，S4VECTORS，，，，GenomeInfodB，，，，生物基因，grdevices，图形，统计，utils，RCPP，，，，rtracklayer |
| 链接 | Rhtslib（> = 1.13.1），Zlibbioc，，，，RCPP |
| 建议 | bsgenome.ecoli.ncbi.20080805，矩阵，，，，测试 |
| 系统要求 | C ++ 11，GNU制作 |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | diffhic_1.29.0.tar.gz |
| Windows二进制 | diffhic_1.29.0.zip（仅64位） |
| MacOS 10.13（高山脉） | diffhic_1.29.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/diffhic |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/diffhic |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/diffhic/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
