德芬德

doi：10.18129/b9.bioc.derfinder

这是发展DERFINDER的版本；对于稳定版本，请参阅德芬德。

通过DER FINDER方法对RNA-SEQ数据的注释 - 无形差分表达分析分析

生物导体版本：开发（3.16）

该软件包提供了RNA-Seq数据的注释 - 敏捷差分表达分析的功能。此软件包中包括了DER Finder方法的两个实现：（1）在表达区域级别的单个基础级F统计数据和（2）DER标识。DER Finder方法也可以用于识别差异界限的芯片seq峰。

作者：Leonardo Collado-Torres [AUT，CRE]，Alyssa C. Frazee [CTB]，Andrew E. Jaffe [aut]，Jeffrey T. Leek [Aut，THS]

维护者：leonardo collado-torres

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ derfinder”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ derfinder”）

html	R脚本	Derfinder快速入门指南
html	R脚本	Derfinder用户指南
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	chipseq，，，，覆盖范围，，，，差异性，，，，差异词，，，，免疫学，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件
版本	1.31.0
在生物导体中	Bioc 3.0（R-3.1）（8年）
执照	艺术2.0
要看	R（> = 3.5.0）
进口	生物基因（> = 0.25.1），AnnotationDbi（> = 1.27.9），生物比较（> = 1.15.15），Bumphunter（> = 1.9.2），derfinderhelper（> = 1.1.0），GenomeInfodB（> = 1.3.3），基因组签名，，，，GenomicFeatures，，，，Genomicfiles，，，，基因组机（> = 1.17.40），HMISC，，，，iranges（> = 2.3.23），方法，QVALUE（> = 1.99.0），rsamtools（> = 1.25.0），rtracklayer，，，，S4VECTORS（> = 0.23.19），统计
链接
建议	生物使用（> = 2.5.19），SessionInfo，，，，derfinderdata（> = 0.99.0），derfinderplot，，，，deseq2，，，，GGPLOT2，，，，尼特（> = 1.6），林玛，，，，Refmanager，，，，rmarkDown（> = 0.3.3），测试（> = 2.1.0），txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，COVR
系统要求
增强
URL	https://github.com/lcolladotor/derfinder
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/derfinder/
取决于我
进口我	BrainflowProbes，，，，derfinderplot，，，，基因组态，，，，奥德，，，，叙事，，，，recountworkflow，，，，地区报告
建议我	Megadepth
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	derfinder_1.31.0.tar.gz
Windows二进制	derfinder_1.31.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	derfinder_1.31.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/derfinder
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/derfinder
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/derfinder/
软件包下载报告	下载统计