densvis

DOI:10.18129 / B9.bioc.densvis

这是发展密度猴的版本;稳定版请参见densvis．

基于非线性降维的密度保持数据可视化

Bioconductor版本:开发(3.17)

实现了Narayan等人描述的对t-SNE和UMAP的密度保持修改。(2020) ．非线性降维技术t-SNE和UMAP使用户能够总结复杂的高维测序数据，如单细胞RNAseq使用低维表示。这些较低维度的表示能够可视化离散的转录状态，以及连续的轨迹(例如，在早期发育中)。然而，这些方法关注的是数据的局部邻域结构。在某些情况下，这会导致误导性的可视化，即低维嵌入中的细胞密度不能代表原始高维空间中数据的转录异质性。den-SNE和densMAP旨在通过生成准确表示原始高维空间异质性的低维嵌入来实现对高维数据集的更准确的视觉解释，从而能够识别同质和异质的细胞状态。这种精度是通过在优化过程中包括一个考虑原始高维空间中点的局部密度的术语来实现的。这可以帮助创建更能代表原始高维空间中的异质性的可视化。

作者:Alan O'Callaghan [aut, cre]， Ashwinn Narayan [aut]， Hyunghoon Cho [aut]

维护者:Alan O'Callaghan < Alan。Ocallaghan在outlook.com>上写道

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("densvis")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“densvis”)

超文本标记语言	R脚本	密度猴简介
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DimensionReduction，测序，SingleCell，软件，可视化
版本	1.9.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于
进口	Rcpp，蛇怪，为了，网状，irlba
链接	Rcpp
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，ggplot2，Rtsne，uwot，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/densvis
BugReports	https://github.com/Alanocallaghan/densvis/issues
全靠我	OSCA.advanced
进口我	嘘
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	densvis_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	densvis_1.9.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	densvis_1.9.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/densvis
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/densvis
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/densvis/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/densvis/
软件包下载报告	下载数据