解耦

DOI:10.18129 / B9.bioc.decoupleR

这是发展版本的解耦;稳定的发布版本,请参阅解耦。

解耦:合奏的计算方法从组学数据来推断生物活性

Bioconductor版本:发展(3.18)

许多方法允许我们从组学数据中提取生物活性利用先验知识信息资源,降低维数增加统计能力和更好的可解释性。在这里,我们目前的解耦,Bioconductor包包含不同统计方法提取这些特征在一个统一的框架内。解耦允许用户灵活测试任何方法和资源。它包含了方法,考虑网络交互的标志和重量。可以用于任何使解耦,只要它的特性可以根据先验知识与生物过程。例如,在转录组基因集由一个转录因子,或在phospho-proteomics phosphosites针对性的激酶。

作者:保罗Badia-i-Mompel (aut (cre),耶稣Velez-Santiago (aut),Jana Braunger (aut),塞丽娜角膜(aut)季米特洛夫,丹尼尔(aut),索菲娅Muller-Dott (aut),切赫τ(aut),Aurelien Dugourd (aut)、基督教h .荷兰(aut)里卡多·o·拉米雷斯弗洛雷斯(aut),胡里奥Saez-Rodriguez (aut)

维护人员:加索尔Badia-i-Mompel <加索尔。十二月在uni-heidelberg.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“脱钩”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“脱钩”)

HTML	R脚本	介绍
HTML	R脚本	推理从scRNA-seq通路活动活动
HTML	R脚本	途径活性在散装RNA-seq推理
HTML	R脚本	转录因子的活动从scRNA-seq推理
HTML	R脚本	转录因子的活动在散装RNA-seq推理
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression,FunctionalGenomics,GeneExpression,GeneRegulation,网络,软件,StatisticalMethod,转录
版本	2.7.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(2年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 4.0)
进口	扫帚,dplyr magrittr,矩阵,purrr, rlang,统计,stringr,宠物猫,tidyr, tidyselect withr
链接
建议	glmnet (> = 4.1.0),GSVA,毒蛇,fgsea(> = 1.15.4),AUCell,SummarizedExperimentrpart管理员,BiocStyle,knitr covr pkgdown、RefManageR rmarkdown, roxygen2, sessioninfo, pheatmap, testthat,OmnipathR、修拉、ggplot2 ggrepel,拼凑
SystemRequirements
增强了
URL	https://saezlab.github.io/decoupleR/
BugReports	https://github.com/saezlab/decoupleR/issues
取决于我
进口我	cosmosR,多萝西娅,更容易,后代
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	decoupleR_2.7.0.tar.gz
Windows二进制	decoupleR_2.7.0.zip
macOS二进制(x86_64)	decoupleR_2.7.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/decoupleR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/解耦
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/decoupleR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/decoupleR/
包下载报告	下载数据