deconvR

DOI:10.18129 / B9.bioc.deconvR

这是发展deconvR版本;稳定的发布版本,请参阅deconvR。

仿真和反褶积的使配置文件

Bioconductor版本:发展(3.18)

这个包提供了一组函数为分析设计反褶积的大块样品(s)使用一个参考图集使签名配置文件和用户选择的模型。用户可创建或扩展一个参考图谱,也模拟所需的参考单元的大小批量签名配置文件的类型。细胞类型特异的甲基化图谱包包含,Illumina公司史诗B5调查id可用于反褶积。此外,我们包括BSmeth2Probe简化WGBS数据映射到其调查id。

作者:Irem b Gunduz (aut (cre),Veronika Ebenal (aut),Altuna Akalin (aut)

维护人员:Irem b Gunduz < irembgunduz gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“deconvR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“deconvR”)

HTML	R脚本	deconvRVignette
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文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,GeneExpression,RNASeq,回归,SingleCell,软件,StatisticalMethod,转录组
版本	1.7.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 4.1),数据。表(> = 1.14.0)
进口	S4Vectors(> = 0.30.0),methylKit(> = 1.18.0),IRanges(> = 2.26.0),GenomicRanges(> = 1.44.0),BiocGenerics(> = 0.38.0)、数据、方法、foreach (> = 1.5.1) magrittr (> = 2.0.1) matrixStats (> = 0.61.0) e1071 (> = 1.7.9) quadprog (> = 1.5.8) nnls (> = 1.4), rsq(> = 2.2),质量,跑龙套,dplyr (> = 1.0.7) tidyr(> = 1.1.3),为了,minfi
链接
建议	testthat (> = 3.0.0), roxygen2 (> = 7.1.2) doParallel(> = 1.0.16),平行,knitr (> = 1.34),BiocStyle(> = 2.20.2)reshape2 (> = 1.4.4) ggplot2 (> = 3.3.5) rmarkdown, devtools (> = 2.4.2) sessioninfo (> = 1.1.1) covr,制粒机,RefManageR
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BIMSBbioinfo/deconvR
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/deconvR
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	deconvR_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	deconvR_1.7.0.zip
macOS二进制(x86_64)	deconvR_1.7.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/deconvR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ deconvR
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/deconvR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/deconvR/
包下载报告	下载数据