德科

DOI:10.18129 / B9.bioc.deco

这是发展版本的装饰;稳定发布版本请参见德科．

使用Omic数据分析分解异构队列

Bioconductor版本:开发(3.16)

该软件包通过包括子采样LIMMA和NSCA在内的两步方法发现异质组组数据和同质组组数据中的差异特征。DECO揭示了与隐藏子类的特征关联，而不只是与更高的去监管级别相关。

作者:Francisco Jose Campos-Laborie, Jose Manuel Sanchez-Santos和Javier De Las Rivas。生物信息学和功能基因组学小组。癌症研究中心(CiC-IBMCC, CSIC/ sal)。萨拉曼卡。西班牙。

维护人员:Francisco Jose Campos Laborie

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用bio devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("deco")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“装饰”)

超文本标记语言	R脚本	德科
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯，BiomedicalInformatics，聚类，DifferentialExpression，ExonArray，FeatureExtraction，GeneExpression，MicroRNAArray，微阵列，MultipleComparison，蛋白质组学，RNASeq，测序，软件，转录，转录组，mRNAMicroarray
版本	1.13.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (R-3.6)(3.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.5.0),AnnotationDbi，BiocParallel，SummarizedExperiment，limma
进口	统计数据、方法ggplot2，外国、图形、BiocStyle，Biobase，集群，gplots，RColorBrewer，locfit，made4，ade4，sfsmisc，scatterplot3d，gdatagrDevices跑龙套,reshape2，gridExtra
链接
建议	knitr，curatedTCGAData，MultiAssayExperiment，Homo.sapiens，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/fjcamlab/deco
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	deco_1.13.0.tar.gz
Windows二进制	deco_1.13.0.zip
macOS二进制(x86_64)	deco_1.13.0.tgz
macOS二进制(arm64)	deco_1.13.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/deco
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/装饰
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/deco/
包下载报告	下载数据