碎片器

doi:10.18129/b9.bioc.debrowser

这是发展DeBrowser的版本;对于稳定版本,请参阅碎片器

交互式差分分析分析浏览器

生物导体版本:开发(3.14)

生物信息学平台包含用于差异基因和区域表达研究的交互式图和表。允许以交互式和更快的方式更深入地看到表达数据。通过更改参数,用户可以轻松地发现以前从未做过的数据的不同部分。手动创建和查找这些图需要时间。借助DeBrowser用户可以在不编写任何代码的情况下准备地图。在现场进行差异表达,PCA和聚类分析,并在各种图中显示了结果,例如散点,杆,盒子,火山,MA图和热图。

作者:Alper kucukural ,onur yukselen ,manuel garber

维护者:alper kucukural

引用(从r内,输入引用(“ deBrowser”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.1”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)#以下初始化了Bioc Devel Biocmanager :: Install(decon ='devel')biocmanager :: Install(“ deBrowser”)的用法

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ deBrowser”)

html R脚本 DeBrowser Vignette
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照

细节

生物浏览 chipseq,,,,聚类,,,,差异性,,,,基因表达,,,,免疫学,,,,rnaseq,,,,测序,,,,软件
版本 1.21.0
在生物导体中 Bioc 3.3(R-3.3)(5年)
执照 GPL-3 +文件执照
要看 R(> = 3.5.0)
进口 闪亮的,,,,jsonlite,,,,Shinyjs,,,,发光的dashboard,,,,丝绸,,,,GPLOTS,,,,DT,,,,GGPLOT2,,,,rcolorbrewer,,,,注释,,,,AnnotationDbi,,,,deseq2,,,,剂量,,,,Igraph,grdevices,图形,统计,utils,基因组机,,,,iranges,,,,S4VECTORS,,,,总结性特征,,,,Stringi,,,,RESHAPE2,,,,org.hs.eg.db,,,,org.mm.eg.db,,,,林玛,,,,EDGER,,,,clusterProfiler, 方法,SVA,,,,rcurl,,,,富集,,,,颜色,,,,情节,,,,热图,,,,哈曼,,,,PathView,,,,apeglm,,,,阿什
链接
建议 测试,,,,rmarkDown,,,,生物使用,,,,尼特,,,,R.RSP
系统要求
增强
URL https://github.com/umms-biocore/debrowser
BugReports https://github.com/umms-biocore/debrowser/issues/new
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 deBrowser_1.21.0.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13(高山脉) deBrowser_1.21.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/debrowser
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/debrowser
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/debrowser/
软件包下载报告 下载统计

文档»

生物导体

r/克兰软件包和文档

支持»

请阅读发布指南。向以下位置之一发布有关生物导体的问题:

  • 支持网站- 有关生物处理套件的问题
  • 正常词 邮件列表 - 包装开发人员bob电竞体育官网