碎片器

doi：10.18129/b9.bioc.debrowser

这是发展DeBrowser的版本；对于稳定版本，请参阅碎片器。

交互式差分分析分析浏览器

生物导体版本：开发（3.14）

生物信息学平台包含用于差异基因和区域表达研究的交互式图和表。允许以交互式和更快的方式更深入地看到表达数据。通过更改参数，用户可以轻松地发现以前从未做过的数据的不同部分。手动创建和查找这些图需要时间。借助DeBrowser用户可以在不编写任何代码的情况下准备地图。在现场进行差异表达，PCA和聚类分析，并在各种图中显示了结果，例如散点，杆，盒子，火山，MA图和热图。

作者：Alper kucukural ，onur yukselen ，manuel garber

维护者：alper kucukural

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）＃以下初始化了Bioc Devel Biocmanager :: Install（decon ='devel'）biocmanager :: Install（“ deBrowser”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ deBrowser”）

html	R脚本	DeBrowser Vignette
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	chipseq，，，，聚类，，，，差异性，，，，基因表达，，，，免疫学，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件
版本	1.21.0
在生物导体中	Bioc 3.3（R-3.3）（5年）
执照	GPL-3 +文件执照
要看	R（> = 3.5.0）
进口	闪亮的，，，，jsonlite，，，，Shinyjs，，，，发光的dashboard，，，，丝绸，，，，GPLOTS，，，，DT，，，，GGPLOT2，，，，rcolorbrewer，，，，注释，，，，AnnotationDbi，，，，deseq2，，，，剂量，，，，Igraph，grdevices，图形，统计，utils，基因组机，，，，iranges，，，，S4VECTORS，，，，总结性特征，，，，Stringi，，，，RESHAPE2，，，，org.hs.eg.db，，，，org.mm.eg.db，，，，林玛，，，，EDGER，，，，clusterProfiler， 方法，SVA，，，，rcurl，，，，富集，，，，颜色，，，，情节，，，，热图，，，，哈曼，，，，PathView，，，，apeglm，，，，阿什
链接
建议	测试，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，尼特，，，，R.RSP
系统要求
增强
URL	https://github.com/umms-biocore/debrowser
BugReports	https://github.com/umms-biocore/debrowser/issues/new
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	deBrowser_1.21.0.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13（高山脉）	deBrowser_1.21.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/debrowser
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/debrowser
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/debrowser/
软件包下载报告	下载统计