dearseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.dearseq

这是发展dearseq的版本;稳定版请参见dearseq

通过稳健方差分量检验对RNA-seq数据进行差分表达式分析

Bioconductor版本:开发(3.17)

差异表达分析RNA-seq数据方差分量评分检验,通过精确权重计算数据异方差。执行基因和基因集分析,并可以处理重复或纵向数据。具体方法见:i) Agniel D & Hejblum BP(2017)纵向RNA-seq数据时间过程基因集分析的方差分量评分检验,生物统计学,18(4):589-604;和ii) Gauthier M, Agniel D, Thiébaut R & Hejblum BP (2020) dearseq:有效控制错误发现率的RNA-Seq差分分析的方差分量评分测试,NAR基因组学与生物信息学,2(4):lqaa093。

作者:Denis Agniel [aut], Boris P. Hejblum [aut, cre], Marine Gauthier [aut], Mélanie Huchon [ctb]

维护者:Boris P. Hejblum < Boris。Hejblum在u-bordeaux.fr>

引文(从R内,输入引用(“dearseq”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("dearseq")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“dearseq”)

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文本 许可证

细节

biocViews BiomedicalInformaticsCellBiologyDNASeqDifferentialExpressionGeneExpressionGeneSetEnrichment遗传学ImmunoOncologyKEGGRNASeq回归测序软件SystemsBiologyTimeCourse转录转录组
版本 1.11.0
在Bioconductor BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证 GPL-2 |文件许可证
取决于 R (>= 3.6.0)
进口 CompQuadFormdplyrggplot2KernSmoothmagrittrmatrixStats、方法、拼接而成平行,pbapplyreshape2rlangscattermore统计数据,statmod调查宠物猫viridisLite
链接
建议 BiobaseBiocManagerBiocSet刨边机DESeq2GEOqueryGSAknitrlimmareadxlrmarkdownS4VectorsSummarizedExperimenttestthatcovr
SystemRequirements
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包档案

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源包 dearseq_1.11.0.tar.gz
Windows二进制 dearseq_1.11.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) dearseq_1.11.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) dearseq_1.11.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dearseq
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/dearseq
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/dearseq/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/dearseq/
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