ddCt

DOI:10.18129 / B9.bioc.ddCt

这是发展ddCt版本;稳定的发布版本,请参阅ddCt。

ddCt算法分析定量实时PCR(存在)

Bioconductor版本:发展(3.17)

Delta-Delta-Ct (ddCt)算法是一种近似方法来确定相对基因表达定量实时PCR(存在)的实验。与其他方法相比,它不需要为每个primer-target双标准曲线,因此减少工作负荷,但返回足够精确的结果只要扩增效率的假设。ddCt包实现了管道收集,分析和可视化中存在的结果,例如来自TaqMan SDM软件,主要使用ddCt方法。管道可以通过在命令行或脚本API调用由S4-Classes、方法和功能。

作者:大卫•张Jitao鲁道夫Biczok,马库斯Ruschhaupt

维修工:Jitao大卫张< jitao_david。张在roche.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(ddCt)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (ddCt)

PDF	R脚本	rt - pcr分析数据与ddCt中的端到端脚本包
PDF	R脚本	如何应用ddCt方法
PDF	R脚本	介绍ddCt方法中存在数据分析:背景、算法和例子
PDF		参考手册

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,MicrotitrePlateAssay,软件,qPCR
版本	1.55.0
Bioconductor自	BioC 2.5 (r - 2.10)(13岁)
许可证	LGPL-3
取决于	R (> = tripwire)方法
进口	Biobase(> = 1.10.0),RColorBrewer(0.1 > = 3),xtable,晶格,BiocGenerics
链接
建议	testthat(> = 3.0.0),RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ddCt_1.55.0.tar.gz
Windows二进制	ddCt_1.55.0.zip
macOS二进制(x86_64)	ddCt_1.55.0.tgz
macOS二进制(arm64)	ddCt_1.55.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ddCt
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ddCt
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ddCt/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ddCt/
包下载报告	下载数据