dce

DOI:10.18129 / B9.bioc.dce

这是发展版本的dce;稳定版请参见dce

基于差异因果效应的路径富集

Bioconductor版本:开发(3.17)

计算(生物)网络的差异因果效应(dce)。给定两个基因a和B的对照实验和非对照(如癌症)的观察样本,我们可以用(广义)线性回归计算差异因果效应。如果控制样本中基因A对基因B的因果效应与非控制样本中的因果效应不同,则dce将不等于零。我们通过包含来自路径数据库(如KEGG)的先验网络信息来正则化dce计算。

作者:Kim Philipp Jablonski [aut, cre],马丁·皮尔克[au]

维护者:Kim Philipp Jablonski < Kim . Philipp。Jablonski在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(dce)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("dce")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

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超文本标记语言 R脚本 开始
超文本标记语言 R脚本 路径网络数据库概述
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细节

biocViews DifferentialExpressionGeneExpressionGraphAndNetworkKEGG网络NetworkEnrichment回归软件StatisticalMethod
版本 1.7.0
在Bioconductor BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 4.1)
进口 统计数据、方法为了pcalgpurrrtidyverse矩阵ggraphtidygraphggplot2rlangexpm质量刨边机epiNEMigraphmetapmnemnaturalsortppcorglm2石墨reshape2dplyrmagrittr胶水Rgraphvizharmonicmeanporg.Hs.eg.db日志记录器shadowtext
链接
建议 knitrrmarkdowntestthat(> =魅惑,BiocStyleformatRcowplotggplotifydagitty航空航天三明治devtoolscuratedTCGADataTCGAutilsSummarizedExperimentRcppParalleldocopt狂欢节
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/cbg-ethz/dce
BugReports https://github.com/cbg-ethz/dce/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 dce_1.7.0.tar.gz
Windows二进制 dce_1.7.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) dce_1.7.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) dce_1.7.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dce
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/dce
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/dce/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/dce/
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