dce

DOI:10.18129 / B9.bioc.dce

这是发展版本的dce;稳定版请参见dce．

基于差异因果效应的路径富集

Bioconductor版本:开发(3.17)

计算(生物)网络的差异因果效应(dce)。给定两个基因a和B的对照实验和非对照(如癌症)的观察样本，我们可以用(广义)线性回归计算差异因果效应。如果控制样本中基因A对基因B的因果效应与非控制样本中的因果效应不同，则dce将不等于零。我们通过包含来自路径数据库(如KEGG)的先验网络信息来正则化dce计算。

作者:Kim Philipp Jablonski [aut, cre]，马丁·皮尔克[au]

维护者:Kim Philipp Jablonski < Kim . Philipp。Jablonski在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("dce")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes (dce)

超文本标记语言	R脚本	开始
超文本标记语言	R脚本	路径网络数据库概述
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文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，GraphAndNetwork，KEGG，网络，NetworkEnrichment，回归，软件，StatisticalMethod
版本	1.7.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)
进口	统计数据、方法为了，图，pcalg，purrr，tidyverse，矩阵，ggraph，tidygraph，ggplot2，rlang，expm，质量，刨边机，epiNEM，igraph，metap，mnem，naturalsort，ppcor，glm2，石墨，reshape2，dplyr，magrittr，胶水，Rgraphviz，harmonicmeanp，org.Hs.eg.db，日志记录器，shadowtext
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat(> =魅惑,BiocStyle，formatR，cowplot，ggplotify，dagitty，航空航天，三明治，devtools，curatedTCGAData，TCGAutils，SummarizedExperiment，RcppParallel，docopt，狂欢节
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/cbg-ethz/dce
BugReports	https://github.com/cbg-ethz/dce/issues
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进口我
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包档案

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源包	dce_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	dce_1.7.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	dce_1.7.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	dce_1.7.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dce
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/dce
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/dce/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/dce/
软件包下载报告	下载数据