dada2

DOI:10.18129 / B9.bioc.dada2

这是发展dada2的版本;稳定版请参见dada2．

从扩增子测序数据准确、高分辨率的样本推断

Bioconductor版本:开发(3.17)

dada2包从高通量扩增子测序数据中推断出精确的扩增子序列变体(asv)，取代了更粗糙和不准确的OTU聚类方法。dada2管道将解复用的fastq文件作为输入，并在去除替换和嵌合体误差后输出序列变体及其样本丰度。分类分类可通过RDP朴素贝叶斯分类器的本机实现，并通过精确匹配对16S rRNA基因片段进行物种级分配。

作者:Benjamin Callahan < Benjamin .j。Callahan在gmail.com>，Paul McMurdie, Susan Holmes

维护者:Benjamin Callahan < Benjamin .j。Callahan在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("dada2")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“dada2”)

超文本标记语言	R脚本	dada2简介
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	分类，ImmunoOncology，宏基因组，微生物组，测序，软件
版本	1.27.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(7年)
许可证	LGPL-2
取决于	R (>= 3.4.0)，Rcpp(>= 0.12.0)，方法(>= 3.4.0)
进口	Biostrings(> = 2.42.1),ggplot2(> =魅惑,reshape2(> = 1.4.1),ShortRead(> = 1.32.0),RcppParallel(>= 4.3.0)，平行(>= 3.2.0)，IRanges(> = 2.6.0),XVector(> = 0.16.0),BiocGenerics(> = 0.22.0)
链接	Rcpp，RcppParallel
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	http://benjjneb.github.io/dada2/
BugReports	https://github.com/benjjneb/dada2/issues
全靠我
进口我	Rbec
建议我	米娅
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	dada2_1.27.0.tar.gz
Windows二进制	dada2_1.27.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	dada2_1.27.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	dada2_1.27.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dada2
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/dada2
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/dada2/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/dada2/
软件包下载报告	下载数据