cytomapper

DOI:10.18129 / B9.bioc.cytomapper

这是发展cytomapper版本;稳定的发布版本请参见cytomapper。

R中高度多路复用成像数据的可视化

生物导体版本:开发(3.13)

高度多路成像以空间分辨的方式获得选定蛋白的单细胞表达。这些测量可以在多个长度尺度上可视化。首先，像素级强度表示最高分辨率特征表达的空间分布;第二，分段后，表达值或细胞级元数据(例如细胞类型信息)可以在分段细胞区域上可视化。该包包含多路读出的可视化功能和由多路成像技术获得的单元级信息。这个包的主要功能允许1。跨多个通道的像素级信息的可视化;在分割掩码和3上显示单元级信息(表达式和/或元数据)。门控和单细胞可视化。

作者:Nils Eling [aut, cre]——尼古拉斯·戴蒙德托比亚斯·霍赫[ctb]

Maintainer: Nils Eling < Nils。在引导dqbm.uzh.ch >

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("cytomapper")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“cytomapper”)

超文本标记语言	R脚本	磁盘上的映像存储
超文本标记语言	R脚本	R
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,ImmunoOncology,MultipleComparison,归一化,OneChannel,SingleCell,软件,TwoChannel
版本	1.3.6
Bioconductor自	BioC 3.11 (R-4.0)(1年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 4.0),EBImage,SingleCellExperiment、方法
进口	S4Vectors,BiocParallel,HDF5Array,DelayedArray,RColorBrewer,冬青跑龙套,SummarizedExperiment、工具、图形光栅grDevices统计数据,ggplot2,ggbeeswarm,svgPanZoom,svglite,闪亮的,shinydashboard,matrixStats,rhdf5
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,减价,testthat,shinytest
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BodenmillerGroup/cytomapper
BugReports	https://github.com/BodenmillerGroup/cytomapper/issues
取决于我	imcdatasets
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	cytomapper_1.3.6.tar.gz
Windows二进制	cytomapper_1.3.6.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	cytomapper_1.3.6.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cytomapper
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cytomapper
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cytomapper/
包下载报告	下载数据