cytoMEM

DOI:10.18129 / B9.bioc.cytoMEM

这是发展cytoMEM版本;稳定的发布版本,请参阅cytoMEM。

标记浓缩建模(MEM)

Bioconductor版本:发展(3.18)

MEM、标记浓缩建模、自动生成和显示定量标签细胞数量已确定从单细胞的数据。MEM的输入是一个数据集,pre-clustered或与细胞行和pre-gated种群特征列。标签传达的测量功能和特性的相对浓缩在每个人口的水平。MEM可以应用于各种各样的数据类型,可以从流式细胞仪比较MEM标签,质量血细胞计数,单细胞RNA-seq,光谱使用RMSD流式细胞术。

作者:塞拉利马(aut),克里斯汀•迪金斯(aut)乔纳森•爱尔兰(aut (cre)

维护人员:乔纳森爱尔兰<乔纳森。爱尔兰在vanderbilt.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“cytoMEM”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“cytoMEM”)

HTML	R脚本	Intro_to_Marker_Enrichment_Modeling_Analysis
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CellBiology,分类,聚类,DataImport,DataRepresentation,FlowCytometry,蛋白质组学,SingleCell,软件,SystemsBiology
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	gplots、工具flowCore,统计grDevices跑龙套,matrixStats方法
链接
建议	knitr, rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/cytolab/cytoMEM
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	cytoMEM_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	cytoMEM_1.5.0.zip
macOS二进制(x86_64)	cytoMEM_1.5.0.tgz
macOS二进制(arm64)	cytoMEM_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cytoMEM
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cytoMEM
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/cytoMEM/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cytoMEM/
包下载报告	下载数据