customProDB

DOI:10.18129 / B9.bioc.customProDB

这是发展customProDB的版本;稳定版请参见customProDB．

从NGS数据生成定制的蛋白质数据库，以RNA-Seq数据为重点，用于蛋白质组学搜索

Bioconductor版本:开发(3.16)

数据库检索是质谱蛋白质组学研究中应用最广泛的肽和蛋白质鉴定方法。我们之前的研究表明，来自RNA-Seq数据的样本特异性蛋白质数据库可以更好地接近样本中真实的蛋白质库，从而提高蛋白质鉴定。更重要的是，从RNA-Seq数据中鉴定出的单核苷酸变异、短插入和删除以及新连接使蛋白质数据库更加完整和样本特异性。在这里，我们报告了一个R包customProDB，它可以轻松地从RNA-Seq数据中生成定制数据库，用于蛋白质组学搜索。这项工作连接了基因组学和蛋白质组学研究，并促进了跨组学数据集成。

作者:王晓静

维护者:Xiaojing Wang

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("customProDB")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“customProDB”)

PDF	R脚本	customProDB简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing，FunctionalGenomics，ImmunoOncology，MassSpectrometry，蛋白质组学，RNASeq，单核苷酸多态性，测序，软件，转录
版本	1.37.0
在Bioconductor	BioC 2.13 (R-3.0)(9年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5.0)，IRanges，AnnotationDbi，biomaRt(> = 2.17.1)
进口	S4Vectors(> = 0.9.25),DBI，GenomeInfoDb，GenomicRanges，Rsamtools(> = 1.10.2),GenomicAlignments，Biostrings(> = 2.26.3之前),GenomicFeatures(> = 1.32.0),stringr，RCurl，plyr，VariantAnnotation(> = 1.13.44),rtracklayer，RSQLite，AhoCorasickTrie、方法
链接
建议	RMariaDB，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	customProDB_1.37.0.tar.gz
Windows二进制	customProDB_1.37.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	customProDB_1.37.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/customProDB
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/customProDB
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/customProDB/
软件包下载报告	下载数据