CSAW

doi:10.18129/b9.bioc.csaw

这是发展CSAW的版本;对于稳定版本,请参阅CSAW

用窗户分析的芯片序列分析

生物导体版本:开发(3.16)

通过滑动窗口检测芯片序列数据中的差异结合区域,并采用标准化和适当的FDR控制方法。

作者:Aaron Lun [AUT,CRE],Gordon Smyth [aut]

维护者:aaron lun

引用(从r内,输入引用(“ CSAW”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(version = devel ='devel')biocmanager :: install(“ csaw”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ CSAW”)

html R脚本 介绍
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 注解,,,,chipseq,,,,覆盖范围,,,,差异词,,,,遗传学,,,,多重组合,,,,正常化,,,,测序,,,,软件
版本 1.31.1
在生物导体中 Bioc 3.0(R-3.1)(7。5年)
执照 GPL-3
要看 r(> = 3.5.0),基因组机,,,,总结性特征
进口 RCPP,,,,矩阵,,,,生物基因,,,,rsamtools,,,,EDGER,,,,林玛, 方法,S4VECTORS,,,,iranges,,,,GenomeInfodB,统计生物比较,,,,Metapod,UTILS
链接 Rhtslib,,,,Zlibbioc,,,,RCPP
建议 AnnotationDbi,,,,org.mm.eg.db,,,,txdb.mmusculus.ucsc.mm10.nowngene,,,,测试,,,,GenomicFeatures,,,,基因组签名,,,,尼特,,,,生物使用,,,,rmarkDown,,,,生物管理器
系统要求 C ++ 11,GNU制作
增强
URL
取决于我 CSAWBook
进口我 Diffhic,,,,Epigrahmm,,,,伸出,,,,格兰妮,,,,冰茶,,,,NADFINDER,,,,瓦肯
建议我 chipseqdb
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 csaw_1.31.1.tar.gz
Windows二进制 CSAW_1.31.1.ZIP
MacOS 10.13(高山脉) csaw_1.31.1.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/csaw
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/csaw
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/csaw/
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