CSAW

doi：10.18129/b9.bioc.csaw

这是发展CSAW的版本；对于稳定版本，请参阅CSAW。

用窗户分析的芯片序列分析

生物导体版本：开发（3.16）

通过滑动窗口检测芯片序列数据中的差异结合区域，并采用标准化和适当的FDR控制方法。

作者：Aaron Lun [AUT，CRE]，Gordon Smyth [aut]

维护者：aaron lun

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ csaw”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ CSAW”）

html	R脚本	介绍
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	注解，，，，chipseq，，，，覆盖范围，，，，差异词，，，，遗传学，，，，多重组合，，，，正常化，，，，测序，，，，软件
版本	1.31.1
在生物导体中	Bioc 3.0（R-3.1）（7。5年）
执照	GPL-3
要看	r（> = 3.5.0），基因组机，，，，总结性特征
进口	RCPP，，，，矩阵，，，，生物基因，，，，rsamtools，，，，EDGER，，，，林玛， 方法，S4VECTORS，，，，iranges，，，，GenomeInfodB，统计生物比较，，，，Metapod，UTILS
链接	Rhtslib，，，，Zlibbioc，，，，RCPP
建议	AnnotationDbi，，，，org.mm.eg.db，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm10.nowngene，，，，测试，，，，GenomicFeatures，，，，基因组签名，，，，尼特，，，，生物使用，，，，rmarkDown，，，，生物管理器
系统要求	C ++ 11，GNU制作
增强
URL
取决于我	CSAWBook
进口我	Diffhic，，，，Epigrahmm，，，，伸出，，，，格兰妮，，，，冰茶，，，，NADFINDER，，，，瓦肯
建议我	chipseqdb
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	csaw_1.31.1.tar.gz
Windows二进制	CSAW_1.31.1.ZIP
MacOS 10.13（高山脉）	csaw_1.31.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/csaw
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/csaw
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/csaw/
软件包下载报告	下载统计