杂交

doi：10.18129/b9.bioc.crossmeta

这是发展Crossmeta的版本；对于稳定版本，请参阅杂交。

微阵列数据的跨平台荟萃分析

生物导体版本：开发（3.16）

实施Affymentrix，Illumina和Agilent微阵列数据的跨平台和跨物种荟萃分析。该软件包可以自动执行常见任务，例如下载，正常化和注释RAW GEO数据。然后，用户选择控制和治疗样本，以对所有比较进行差分表达分析。分别分析每个对比度后，用户可以为每个对比度选择组织源，并指定应为后续荟萃分析分组的任何组织源。

作者：亚历克斯·皮克林

维护者：Alex Pickering

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ crossmeta”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Crossmeta”）

html	R脚本	十字架小插图
PDF		参考手册
文本		执照

细节

生物浏览	注解，，，，批处理效应，，，，差异性，，，，GUI，，，，基因表达，，，，微阵列，，，，Onechannel，，，，预处理，，，，软件，，，，组织血液阵列，，，，转录
版本	1.23.2
在生物导体中	Bioc 3.4（R-3.3）（5。5年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
依靠	R（> = 4.0）
进口	副词（> = 1.52.0），affxparser（> = 1.46.0），AnnotationDbi（> = 1.36.2），生物酶（> = 2.34.0），生物基因（> = 0.20.0），生物管理器（> = 1.30.4），DT（> = 0.2），DBI（> = 1.0.0），Data.Table（> = 1.10.4），EDGER，，，，fdrtool（> = 1.2.15），地球（> = 2.40.0），林玛（> = 3.30.13），矩阵（> = 0.51.0），元（> = 3.1.2），miniui（> = 0.1.1），方法，奥利戈（> = 1.38.0），读者（> = 1.0.6），rcurl（> = 1.95.4.11），rsqlite（> = 2.1.1），Stringr（> = 1.2.0），SVA（> = 3.22.0），闪亮的（> = 1.0.0），Shinyjs（> = 2.0.0），丝绸（> = 0.61），闪亮的widgets（> = 0.5.3），Shinypanel（> = 0.1.0），蒂布尔，，，，XML（> = 3.98.1.17），readxl（> = 1.3.1）
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，Lydata，org.hs.eg.db，测试
系统要求	libxml2：libxml2-dev（deb），libxml2-devel（rpm）libcurl：libcurl4-openssl-dev（deb），libcurl-devel（rpm）openssl：libssl-dev（libssl-dev（eb）CSW），openssl@1.1（酿造）
增强
URL	https://github.com/alexvpickering/crossmeta
BugReports	https://github.com/alexvpickering/crossmeta/issues
取决于我
进口我
建议我	CCMAP
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	crossmeta_1.23.2.tar.gz
Windows二进制	crossmeta_1.23.2.2.zip
MacOS 10.13（高山脉）	crossmeta_1.23.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/crossmeta
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/crossmeta
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/crossmeta/
软件包下载报告	下载统计