crlmm

这是发展crlmm版本;稳定的发布版本,请参阅crlmm。

基因型(CRLMM)和拷贝数分析工具呼吁Affymetrix SNP 5.0和6.0和Illumina公司数组

Bioconductor版本:发展(3.16)

更快的实现CRLMM特定于SNP 5.0和6.0数组,以及拷贝数工具具体到5.0,6.0,和Illumina公司平台。

作者:Benilton卡瓦略,罗伯特•Scharpf马特•里奇Ingo Ruczinski,拉斐尔•伊

在由维护者:Benilton年代卡瓦略< Benilton。br >,罗伯特Scharpf < rscharpf jhsph.edu >,马特·里奇在wehi.EDU.AU > < mritchie

从内部引用(R,回车引用(“crlmm”)):

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“crlmm”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“crlmm”)

PDF		拷贝数估计
PDF		crlmm装饰图案,下游分析
PDF	R脚本	crlmm装饰图案——基因分型
PDF		基础设施进行拷贝数分析
PDF		拷贝数小品文的概述
PDF		预处理和pcr Illumina公司数组的拷贝数分析
PDF		参考手册
文本		新闻

biocViews	CopyNumberVariation,微阵列,预处理,单核苷酸多态性,软件
版本	1.55.0
Bioconductor自	BioC 2.4 (r - 2.9)(13.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 2.14.0),oligoClasses(> = 1.21.12),preprocessCore(> = 1.17.7)
进口	方法,Biobase(> = 2.15.4),BiocGenerics,affyio(> = 1.23.2),illuminaio,椭圆,mvtnorm样条函数统计,跑龙套,晶格,ff,foreach,RcppEigen(> = 0.3.1.2.1),matrixStats,VGAM、并行、图形limma,beanplot
链接	preprocessCore(> = 1.17.7)
建议	hapmapsnp6,genomewidesnp6Crlmm(> = 1.0.7),snpStats,RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	MAGAR
进口我	VanillaICE
建议我	hapmap370k,oligoClasses
我的链接
构建报告

遵循bob 体育网址指示在R会话中使用这个包。

源包	crlmm_1.55.0.tar.gz
Windows二进制	crlmm_1.55.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	crlmm_1.55.0.tgz
macOS二进制(arm64)	crlmm_1.55.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/crlmm
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ crlmm
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/crlmm/
包下载报告	下载数据