crisprDesign

DOI:10.18129 / B9.bioc.crisprDesign

这是发展crisprDesign版本;稳定的发布版本,请参阅crisprDesign。

综合设计CRISPR gRNAs核酸酶和基本编辑

Bioconductor版本:发展(3.18)

提供了一套综合的功能设计和注释CRISPR指导RNA (gRNAs)序列。这包括,非目标搜索、目标效率得分,不相干的得分,完整的基因和TSS上下文注释,SNP注释(人类)。它目前支持五种CRISPR模式(扰动模式):CRISPR淘汰赛,CRISPR激活,CRISPR抑制,CRISPR基地编辑和CRISPR击倒。支持所有类型的CRISPR核酸酶,包括DNA, RNA-target核酸酶,如Cas9 Cas12a, Cas13d。编辑器还支持所有类型的基地。gRNA设计可以参考基因组,转录组和自定义DNA和RNA序列。未配对和成对gRNA设计都启用。

作者:让-菲利普•福丁(aut (cre),卢克Hoberecht (aut)

维护人员:让-菲利普•福丁< fortin946 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“crisprDesign”)

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文档

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HTML	R脚本	介绍crisprDesign
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CRISPR,FunctionalGenomics,GeneTarget,软件
版本	1.3.1
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.2.0),crisprBase(> = 1.1.3)
进口	AnnotationDbi,BiocGenerics,Biostrings,BSgenome,crisprBowtie(> = 0.99.8),crisprScore(> = 1.1.6),GenomeInfoDb,GenomicFeatures,GenomicRanges(> = 1.38.0),IRanges矩阵,MatrixGenerics、方法、rtracklayer,S4Vectors,统计,跑龙套,VariantAnnotation
链接
建议	biomaRt,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,BiocStyle,crisprBwa(> = 0.99.7)、knitr rmarkdown,Rbowtie,Rbwa、RCurl testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/crisprVerse/crisprDesign
BugReports	https://github.com/crisprVerse/crisprDesign/issues
取决于我	crisprViz
进口我	crisprVerse
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	crisprDesign_1.3.1.tar.gz
Windows二进制	crisprDesign_1.3.1.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	crisprDesign_1.3.1.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/crisprDesign
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ crisprDesign
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/crisprDesign/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/crisprDesign/
包下载报告	下载数据