crisprBwa

DOI:10.18129 / B9.bioc.crisprBwa

这是发展crisprBwa版本;稳定的发布版本,请参阅crisprBwa。

BWA-based对齐的CRISPR gRNA间隔序列

Bioconductor版本:发展(3.17)

提供了一个用户友好的界面来映射目标和非目标CRISPR gRNA使用bwa间隔序列。对齐快,可以使用常用的或自定义执行CRISPR核酸酶。对齐方式可以处理任何参考或自定义的基因组。目前不支持在Windows机器。

作者:让-菲利普•福丁(aut (cre)

维护人员:让-菲利普•福丁< fortin946 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“crisprBwa”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“crisprBwa”)

HTML	R脚本	介绍crisprBwa
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐,CRISPR,FunctionalGenomics,软件
版本	1.3.1
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(1年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	方法
进口	BiocGenerics,BSgenome,crisprBase(> = 0.99.15),GenomeInfoDb,Rbwa,readr统计数据,stringr,跑龙套
链接
建议	BiocStyle,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,knitr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/crisprVerse/crisprBwa
BugReports	https://github.com/crisprVerse/crisprBwa/issues
取决于我
进口我
建议我	crisprDesign
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	crisprBwa_1.3.1.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)	crisprBwa_1.3.1.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/crisprBwa
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ crisprBwa
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/crisprBwa/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/crisprBwa/
包下载报告	下载数据