crisprBase

DOI:10.18129 / B9.bioc.crisprBase

这是发展crisprBase版本;稳定的发布版本,请参阅crisprBase。

基函数和类CRISPR gRNA设计

Bioconductor版本:发展(3.18)

提供了一般的核酸酶,S4类CRISPR核酸酶,CRISPR nickas,和基本编辑器。几个CRISPR-specific genome arithmetic functions are implemented to help extract genomic coordinates of spacer and protospacer sequences. Commonly-used CRISPR nuclease objects are provided that can be readily used in other packages. Both DNA- and RNA-targeting nucleases are supported.

作者:让-菲利普•福丁(aut (cre)

维护人员:让-菲利普•福丁< fortin946 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“crisprBase”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“crisprBase”)

HTML	R脚本	介绍crisprBase
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CRISPR,FunctionalGenomics,软件
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(1年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	跑龙套、方法R (> = 4.1)
进口	BiocGenerics,Biostrings,GenomicRanges、图形、IRanges,S4Vectors,stringr
链接
建议	BiocStyle,rmarkdown knitr testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/crisprVerse/crisprBase
BugReports	https://github.com/crisprVerse/crisprBase/issues
取决于我	crisprDesign,crisprViz
进口我	crisprBowtie,crisprBwa,crisprVerse
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	crisprBase_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	crisprBase_1.5.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	crisprBase_1.5.0.tgz
macOS二进制(arm64)	crisprBase_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/crisprBase
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ crisprBase
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/crisprBase/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/crisprBase/
包下载报告	下载数据