cpvSNP

DOI:10.18129 / B9.bioc.cpvSNP

这是发展cpvSNP版本;稳定版请参见cpvSNP．

在给定的基因集中，SNP关联p值的基因集分析方法

Bioconductor版本:开发(3.16)

目前存在的基因集分析方法是将snp水平的关联p值组合到基因集中，为每个基因集计算单个关联p值。这个包实现了两种这样的方法，只需要计算SNP p-值、感兴趣的基因集和相关矩阵(如果需要的话)。一种方法(GLOSSI)需要独立的snp，另一种方法(VEGAS)可以考虑snp之间的相关性(LD)。内置的绘图功能可帮助用户可视化结果。

作者:凯特琳·麦克休，杰西卡·拉尔森，杰森·哈克尼

维护者:Caitlin McHugh

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("cpvSNP")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“cpvSNP”)

PDF	R脚本	使用“cpvSNP”软件包进行基因集分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneSetEnrichment，遗传学，GenomicVariation，通路，软件，StatisticalMethod
版本	1.29.0
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(7.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5.0)，GenomicFeatures，GSEABase(> = 1.24.0)
进口	方法,corpcor，BiocParallel，ggplot2，plyr
链接
建议	TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，RUnit，BiocGenerics，ReportingTools，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	cpvSNP_1.29.0.tar.gz
Windows二进制	cpvSNP_1.29.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	cpvSNP_1.29.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cpvSNP
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/cpvSNP
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cpvSNP/
软件包下载报告	下载数据