coseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.coseq

这是发展coseq的版本;稳定版请参见coseq．

测序数据的共表达分析

Bioconductor版本:开发(3.16)

高通量测序数据中表达谱的共表达分析。使用自适应转换和混合模型或K-means算法对特征(例如基因)轮廓进行聚类，并提供模型选择标准(选择适当数量的聚类)。

作者:Andrea Rau [cre, aut]，凯茜·毛吉斯-鲁梭[ctb]，安东尼·戈迪康-巴乔尼[ctb]

维护者:Andrea Rau < Andrea。Rau在inrae.fr>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("coseq")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“coseq”)

超文本标记语言	R脚本	coseq
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，ImmunoOncology，RNASeq，测序，软件
版本	1.21.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(5.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.0.0)，SummarizedExperiment，S4Vectors
进口	刨边机，DESeq2，capushe，Rmixmod，e1071，BiocParallel，ggplot2，尺度，HTSFilter，corrplot，HTSCluster， grDevices，图形，统计，方法，作文，mvtnorm
链接
建议	Biobase，knitr，rmarkdown，testthat，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	coseq_1.21.0.tar.gz
Windows二进制	coseq_1.21.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	coseq_1.21.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/coseq
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/coseq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/coseq/
软件包下载报告	下载数据