copynumber

DOI:10.18129 / B9.bioc.copynumber

这是发展copynumber的版本;稳定版请参见copynumber．

基于惩罚最小二乘回归的单轨和多轨拷贝数数据分割。

Bioconductor版本:开发(3.14)

利用惩罚最小二乘回归对复制数数据进行分段常数曲线拟合，以定位复制数恒定的基因组区域。每个样本的单独分割、多个样本的联合分割以及snp阵列的两个数据轨迹的联合分割程序都是可用的。几个绘图功能可用于数据和分割结果的可视化。

作者:格罗·尼尔森，克努特·列斯托尔和奥勒·克里斯蒂安·林格尔德。

维护:Gro Nilsen

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("copynumber")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“copynumber”)

PDF	R脚本	copynumber.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，遗传学，单核苷酸多态性，软件，可视化，aCGH
版本	1.33.0
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(8年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 2.10)，BiocGenerics
进口	S4Vectors，IRanges，GenomicRanges
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	sequenza
建议我	PureCN
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	copynumber_1.33.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	copynumber_1.33.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/copynumber
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/copynumber
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/copynumber/
软件包下载报告	下载数据